sequencher软件培训 正版软件

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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher 5.4.6新功能
为DNA序列分析提供了全新的和增强的功能。
Sanger
Ÿ Sequencher Connections中运行的 Primer-BLAST发送引物序列到您的Sequencher项目中。
Ÿ 在项目窗口中轻松使用一致性序列，作为NGS测序比对混合的参考序列。
Ÿ 新批量处理恢复结束命令。
Ÿ 在项目窗口中调整字体大小的功能。
NGS
Ÿ GSNAP和BWA-MEM工作流更快。
Ÿ构建GSNAP数据库和BWA索引，这些索引可以被重新用于与整个基因组的对齐。
Ÿ查看并保存用FastQC报告的NGS原始数据文件的质量分数和元数据。
Ÿ使用SAMtools在您的NGS校准中标记变量来生成不同的调用文件(VCF)。
RNA-Seq
Ÿ 随着Cuffquant和Cuffnorm的添加，扩展了Cufflinks套件的功能。
Ÿ Cuffdiff和 Cuffnorm*一**的Conditions and Replicates编辑器。
Ÿ 使用自定义排序和筛选选项来增强RNA-Seq可视化功能。
Ÿ 使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有的DNA-Seq和RNA-Seq项目。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
甲基化研究
几十年来，DNA甲基化被认为在基因表达中起着重要的作用。当用亚硫酸氢盐处理DNA时，除非胞嘧啶甲基化，任何胞嘧啶都被转换成尿嘧啶。GSNAP将从亚硫酸氢盐处理的DNA测序获得的下一代测序读数校准为参考序列，以不掩盖真正错配的方式排列它们，但当用亚硫酸氢盐处理未甲基化DNA时仍然暴露发生的C到T失配。


RNA耐受性比对
GSNAP已经更新，现在包含A-G容错对齐模式。使用这种模式的情况下，您的mRNA可能已被ADAR基因编辑，使腺苷转化为肌苷。当测序时，I被视为G。该版本还引入了用于新的RNA耐受模式和甲基化分析的滞留和非滞留模式。当您的实验室协议允许5’到3’基因组读取和它们在每个链上的反向互补时，使用非搁浅模式。


查看器
Tablet是下一代序列比对的高性能查看器。以许多不同的模式查看和审查您的Maq, GSNAP,
BWA-MEN或Velvet结果，用不同的颜色和阅读方向**显示。获取个别读数和读取成对的信息，以及排列读取的堆叠以显示配对。Tablet可以控制转换、缩放以及**变异基，以便让您的阅读变得*。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Multiplex ID
Sequencher 5.2或之后的用户使用基于BWA, GSNAP 或Velvet从头或基于参考组件的复用方法。复用方法快速而*。每个DNA样本都有与其相关的特定条形码。Sequencher可以阅读这些条形码并将数据分成不同的文件或‘bins’。Sequencher获取每个‘bin’中的序列，并为您执行汇编或对齐。Sequencher的Multiplex ID可与单端或成对端数据一起使用。对于成对的端数据，每个读数在5’端必须有相同的条形码，可以被识别为一对。您可以使用Tablet阅读器查看多路复用组件或对齐的结果。


SNP分析
筛选下一代测序所产生的数以百万计的读物在寻找候选SNPs时面临重大挑战。Maq和GSNAP算法都包括SNP筛选功能。Maq具有两级筛选过程，初搜索读取和参考序列之间的差异。接着，筛选初始结果的过滤步骤，寻找每列读取的相同类别的小数量，以及嵌入在高质量区域内的变体。综合报告中给出了结果，您还可以在Maqview或Tablet中查看结果。


使用GSNAP，SNP分析采取不同的方法，查看之前报告的SNPs以及新的候选SNPs。用户必须提供已知的SNPs列表以及读取和参考序列。GSNAP对所有主要和次要等位基因进行SNP耐受性排列。该算法使微小等位基因与错配区分开来。综合报告中给出了结果，您还可以在Tablet中查看结果。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher通用装配工具应用如下
Ÿ 基因变异与参考序列的比较
Ÿ 确认向量构造
Ÿ 组装病毒和细菌基因组
Ÿ 从cDNA库中集群数万个序列
Ÿ 将cDNA组合成基因组序列
Ÿ 创建引物图


组装参考
参考序列功能强大，它是测序和序列分析等的核心功能。无论您是从事法医学、系统研究、医学遗传学或人口研究，您都可能使用到参考序列功能。在GenBank格式中导入一个序列，将其特性表应用到序列中，并将其标记为一个引用序列。组装到参考序列意味着您可以将您的阅读和原型参考序列进行比较。如果您使用来自不同来源的多个示例，您甚至还可以按名称装配来自动化您的工作。


您甚至可以使用参考序列来指导去除您感兴趣区域之外的序列或者填补序列覆盖的空白。
科学软件网不定期举办各类公益培训和讲座，让您有更多机会免费学习和熟悉软件。
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