放心购买 sequencher软件怎么买

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MUSCLE
MUSCLE[2], a multiple-sequence alignment (MSA) program, joins the Sequencher 5.1 family of plugins. It joins Clustal, making it the second MSA program in Sequencher’s DNA-Seq Tools. Boasting both speed and accuracy, it compares very favorably [3] to other multiple-sequence alignment programs.

Sequencher makes traditional sequence assembly easy while keeping you in control.
Trim your sequences for poor quality data with ease. You can even maintain a library of trim criteria to make life even easier.
With intuitive controls you can select the best algorithm for your data including Assemble to Reference. And if you are working with multiple samples from different sources then automate the assembly using Assemble by Name.
Editing your data has never been simpler with tools to help you locate and deal with ambiguities, check for heterozygotes and move around your data.
Use confidence values to assist in trimming data, quality checks, and SNP detection to improve the quality of your results.

MUSCLE is said to have four major steps in its alignment process. The first step constructs a distance matrix between pairs of sequences using k-mer clustering, this is then converted into a tree. The second step uses this tree to guide a progressive alignment. In the final two steps, the MUSCLE algorithm tries a number of different methods to see if it is possible to improve the tree and hence the multiple alignment.

You can run MUSCLE alignments in a Connections Session for a group of sequences. The results can be viewed as the aligned sequences or visualized using a Phylogram. Different channels can be set up to use different parameters. Sequences can be added to an existing session, so that the different rows look at different groups of sequences. Runs on the different channels and rows can then be compared.
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