Chemcraft软件介绍

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Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出；GFINPUT选项允许打印基组信息（基组中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP（NBO）实现了自然键轨道分析的打印输出，其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以从文件中看到不同的数据：原子核上的能量（能量梯度）、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性（使用量、能量）、正常模式、分子轨道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函数都可以被可视化），MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上（这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的，因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印）。对于能量表面扫描和IRC作业，所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式，基本的数据概述并以“摘要”的形式显示（SCF能量，收敛标准等）。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业，然后呈现为几个扩展节点的列表，每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外，Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化，Gaussian立方体文件也可以读取。

Chemcraft从NMR计算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具，用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。

Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。它提供了方便的实用程序，有助于准备新的工作来计算和分析计算结果。其主要功能是对**化学包生成的输出文件的可视化。主要支持的软件包是Gamess（美国版本和PCGamess）和Gaussian94-09。

Chemcraft对于Gamess用户
Chemcraft给Gamess-US输出文件提供了非常详细的可视化。文件中的下列数据可以以图形方式呈现：
 原子坐标（对应于所有或对称的原子，如果在文件中呈现对应的表）；


To visualize an orbital, one should open an output file and select the "Tools/Orbitals/Render molecular orbitals" menu item, or select an item in the list at the left (e.g., "Optimized geometry") and press the "Tools" button (below the list), then "Render molecular orbitals". In the window that appears one should select the required orbitals and press "Ok". Then in the list to the left choose the desired orbitals and press "Show isosurface" (an isosurface of value specified in "Value" textbox will appear) or "Show mapped plane" (a colored plane will appear with colors from blue to red corresponding to values in "Values range" textbox). The button "Plane position" allows the position and orientation of rendered plane to be altered. For antisymmetric orbitals, the "Both-signed" button should be pressed. The buttons "Keep this surface" and "Delete all" can be used to obtain multiple isosurfaces in the picture. For more details, see Working with cubes.

Ÿ 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
Ÿ 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
Ÿ 应用任意几何参数的迭代算法（图6）；
Ÿ 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。

Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素，例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。


Chemcraft can calculate root-mean-square distances between the Cartesian coordinates of two molecular structures ("Tools/RMS compare structures" menu item, see here). Besides that, the program can merge multiple structures to allow the user to visually see the difference between them.
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