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原产地美国
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Blocked Multi-Response Permutation Procedures (MRBP)
Randomized block experiments or paired-sample data can be analyzed with a variant of MRPP called MRBP or blocked MRPP. PC-ORD allows up to 1000 blocks and 100 groups.
Indicator Species Analysis
Dufrêne and Legendre’s (1997) method provides a simple, intuitive solution to the problem of evaluating species associated with groups of sample units. It combines information on the concentration of species abundance in a particular group and the faithfulness of occurrence of a species in a particular group. It produces indicator values for each species in each group. These are tested for statistical significance using a Monte Carlo technique.
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Blocked Indicator Species Analysis
Dufrêne and Legendre’s (1997) method for Indicator Species Analysis can be adapted to a randomized block experiment or a paired-sample design. The data are pre-relativized by species within blocks (or pairs), such that the sum across groups equals one for each block. If a species is absent from a block, the abundances are maintained at zero. The relativization alters the relative abundance portion of the Indicator Value (IV) index to focus on within block differences. Then the ISA is run as usual. The randomization test differs from regular ISA in that instead of an unconstrained permutation of group identifiers, groups are randomly permuted within blocks.
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PC-ORD对电子表格中的生态数据进行多变量分析。PC-ORD的重点是非参数工具、图形表示、随机化测试和自举置信区间的社区数据分析。除了用于转换数据和管理文件的实用程序之外,PC-ORD还提供了许多统计数据包中不可用的排序和分类技术:CCA、DCA、指示物种分析、Mantel试验、部分Mantel试验、MRPP、PCoA、perMANOVA、RDA、双向聚类、TWINSPAN、Beals平滑、多样性指数、物种列表、许多排序叠加方法(定量、符号编码、颜色编码、网格、联合图、双情节、连续向量)、各种旋转方法、3D排序、Bray-Curtis排序、城市街区距离测量、物种面积曲线、树数据摘要、发布质量树图、自动驾驶模式的非度量多维范围(NMS或NMDS)。可以分析大型数据集。只要您计算机的内存够,大多数操作接受多32,000行或32,000列和多536,848,900个矩阵元素的矩阵。完整的手册包括上下文敏感的帮助系统。
新图形
山**图
山**图是在单个图形上一次显示多个非线性响应面的方法。我们知道的个使用的是Nelson et al(2015)。在PC-ORD中,响应面叠加在一个排序上作为叠加。这使得能够同时测量和显示一维和二维,相关联的非线性社区-特质-环境。对于每个所选择的覆盖变量,我们跟踪特定的轮廓,该变量的范围的百分比。每个包含的区域是一个“hilltop”,多个部分透明的山丘被叠加在一个排序上。结果图显示了许多非线性覆盖变量(例如,性状、物种丰富度或环境变量)在单个图中的大值。因为hilltops是基于轮廓的响应面,您可以通过阅读叠加来更好地理解山**图的基础。在山**图和等高线图之间使用的主要区别是一次只能显示一个变量的等高线图,而在同一个排序上可以画出许多山峰。这是一个有缺失的信息,当转到山**图时,大部分的轮廓曲线被丢弃,但它具有同时表示多个非线性关系的优点。
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Weighted Averaging
The simplest yet often effective method of ordination is weighted averaging. The essential operation is the same: a set of pre-assigned species weights (or weights for species groups) are used to calculate scores for sites (sample units). The calculation is a weighted averaging for species or species groups actually present in a sample unit. Weighted averaging used in Federal Manual and numerous ecological indices.
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