GPMAW软件入门教程 诚信代理

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NOTE: On some Windows 2000 installation, the DOS version of ClustalW does not work. In this case you should install the XP version of ClustalW as described above.

和*三个是从文献中得出的值（参考在线帮助和手册）。*二个选项基于游离残基的值。*四个和后一个选项基于当前选定的mass文件中的定义，必须选中才能使用这些值。

哪里使用这些值呢？
在各自的信息对话框中计算蛋白质和肽的PI值（从蛋白质或肽窗口，选择“蛋白质/肽信息）。如果选择了列选项，则在肽窗口中计算PI值。
模拟的2-D凝胶使用PI计算。
在DigestAlyzer中，可以选择Pi作为一个轴选项。
在肽窗口中报告电荷。
从蛋白质和肽窗口中调用电荷与ph窗口。


序列处理:通过在Entrez和本地数据库(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索数据库，从许多不同格式的序列中导入序列。序列可以保存在本地(数据库)中，以备将来参考。从序列窗口可以执行大量操作。序列可以以FastA格式导出(单个序列或同时导出所有序列)，以便于传输到其他程序。

质量分析:蛋白质可以通过自动方法(如定义酶作用的灵活命名法)或手动方法进行裂解。多肽显示与许多参数(各种质量值- mono, ave，电荷- Bull&Breese指数，HPLC指数，pI，电荷)，并可以进一步工作(如交联，新的分裂)。

生物信息学:可显示多种图形、疏水性、点图、二级结构预测。可以在本地数据库上执行BLAST搜索。使用ClustalW的多重对齐。CustalW可执行文件现在是GPMAw包的一部分，但是在以前的版本中，您必须自己安装。
序列窗口
序列窗口是GPMAW的核心窗口并默认显示一个序列。从这里，您可以调用大多数与序列相关的函数（通过菜单、工具栏或弹出菜单）。

Sequence handling: Import of sequences from a number of different formats with direct database search in Entrez and in local databases (FastA format and Swiss-Prot). Sequences can be saved in local files (databases) for future reference.
From the sequence window a large number of actions can be performed. Sequences can be exported in FastA format (either singly or all sequences at once) for easy transfer to other programs.
显示1个或3个字母
平均质量/单同位素质量
固定残留物宽度
带有序列信息的提要栏
显示二硫化物桥、改性残留物等

通过**显示部分序列，您可以轻松获得给定肽的质量。为了便于导航，您可以使用特定颜色的残留物（提供三种不同颜色和下划线）。大多数设置可以很*地在系统设置框中预先设置。

序列窗口形成父窗口，从中可以创建大量派生子窗口：
肽窗口
MS/MS窗口
批量搜索、合成搜索
图表：疏水性、二级结构、电荷与酸碱度、点图、α螺旋轮

肽窗口
肽窗口通常通过自动摘要命令从序列窗口中调用。但是，也有其他方法，如手动或半自动分裂。

Sequence window
The sequence window is the central window of GPMAW and default view of a sequence. From here you can call most of other sequence related functions (either through the menu, the toolbar, or the pop-up menu).




The ‘Quickcolor’ button (the down-arrow next to the ‘Highlight’ button) opens a menu that enables you to color specific residues with a single click. The choice of selections cannot be changed by the user, but has been chosen to highlight the most common situations (e.g. highlighting R and K for a tryptic digest; C for identifying cross-links etc.).
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