Geneious Prime 功能介绍

以下文章来源于SnapGene ，作者Geneious

关于Geneious
Geneious是一款综合的、跨平台的、良好的生物信息学软件，实现了发现，共享，操作和探索生物科学数据，可以轻松实现从基础的分子生物学到序列分析，引物设计和限制性分析等，是一款特别适用于诊断抗体研发生物信息学的软件。

Geneious的开发公司Biomatters是一家应用生物信息学公司，为生物制药和商业生物技术行业，以及学术和**机构提供*的研发解决方案。总部位于新西兰奥克兰，在丹麦和美国设有办事处，用户遍及**125个国家，其解决方案提高了4000多所大学，研究机构和公司的生产力，****的20家医药企业中16家采用了Geneious软件来提高研发效率和降。

Geneious Prime是业界良好的生物信息学和分子生物学软件，跟SnapGene、GraphPad Prism、nQuery一样，同属Dotmatics旗下。

今天就带大家具体了解一下Geneious Prime的功能，希望能帮助大家更好的了解这个工具！

Geneious Prime提供了一套全面的分子生物学和序列分析工具。

NGS预处理
• 导入Illumina、PacBio和NanoPore读数。
• 修剪、过滤和解复用单端和成对端数据。
• 合并成对读取。
• 重复数据消除。
• 错误纠正和规范化。
• 过滤嵌合体。

映射比对组装和从头组装
• 只需在良好的映射比对组装和从头组装算法之间切换。
• 支持Sanger和NGS数据的组装，包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore任意长度的读数，包括成对的末端读数和混合组件。
• 组装微生物基因组、质粒和其他环状序列时产生环状重叠群。
• MAUVE基因组比对的基因组比较和整理。
• 映射器包括Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2和TopHat。
• 从头组装算法，包括Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole和Velvet。

变量调用与表达式分析
• 使用Geneious或FreeBayes调用SNPs/变体。
• 使用同步基因组视图实时过滤表格结果。
• 计算并比较映射RNA序列数据的表达水平。
• 使用PCA和火山图可视化。

序列分析
• 修剪、组装和查看桑格测序跟踪文件。
• 纠正基本呼叫并创建共识序列。
• 注释图案、ORF和重复。
• 预测基因和结构元素。
• 基于数据库相似性搜索的实时标注。
• 动态翻译选择，或显示注释或选定框架的翻译。
• 序列属性的动态图和统计数据，如pI、分子量、熔点、AA组成等。

序列比对
• DNA或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对。
• 与常见的安全的算法保持一致，包括Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE和LastZ。
• 通过实时平移和高亮显示查看和编辑路线。

种系发生
• 使用Geneious树生成器、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML等构建树。
• 可视化、编辑和标记树。
• 交互式距离矩阵查看器。
• 导出符合出版要求质量的图表。

微卫星分析
• 导入原始ABI跟踪文件。
• 微调、预测和手动调整峰值。
• Bin峰值为等位基因。
• 生成等位基因调用的表格输出。

分子克隆
• 查看质粒图，自动注释载体，并使用注释复制粘贴序列。
• 一步式GoldenGate（IIS型）和限制性克隆。
• 基于同源性的，包括Gibson、GeneArt和In Fusion。
• TOPO克隆。
• 克隆操作的父/后代谱系跟踪。
• 密码优化和反翻译。
• 沉默突变分析，寻找潜在的限制位点。
• CRISPR gDNA设计。
• 模拟PCR、消化和连接。

引物设计
• 自动设计PCR和测序引物以及杂交探针，用于任何目标区域或整个序列。
• 在序列视图中轻松添加引物。
• 设计基本和简并PCR引物。
• 在设计过程之前、期间或之后添加和删除引物序列的扩展。
• 引物特异性测试，以检查模板序列上的其他结合位点。
• 筛选物理性质、发夹和引物二聚体。
• 以FASTA、电子表格或GenBank格式拖放引物。

数据管理和写作
• 拖放导入文件和文件夹，包括Vector NTI数据库。
• 将元数据从电子表格导入序列和其他文档。
• 智能NGS导入–一步导入任何种类的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件。
• 直观的基于文件夹的项目组织。
• 无缝集成的共享数据库。
• 快速搜索数据库中的所有序列和元数据。
• 广泛的导出选项。

搜索和BLAST
• 直接访问NCBI公共BLAST数据库。
• **本地数据库的自定义BLAST。
• 集成搜索外部数据库，包括GenBank和UniProt。
• 将序列直接上传到GenBank。
• 在PubMed中搜索文献。
• 针对本地或共享数据库的高级搜索。

自动作流
• 使用可视化编辑器创建用于自动批量分析的工作流。
• 用于执行管道的20多个内置工作流，包括将变量应用于参考序列、映射读取然后查找SNP和随机采样序列。
• 通过编写自定义代码工作流的选项扩展功能。

API和开发人员
• 使用插件开发工具包添加**功能或与其他系统集成。
• 添加您喜爱的算法、数据库或可视化。
• 打包命令行程序以通过Geneious Prime GUI运行。

北京天演融智软件有限公司（科学软件网）是Geneious软件在中国的授权经销商，为中国的Geneious软件用户提供优质的软件销售和培训服务。