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Public Health Value of Next-Generation DNA Sequencing of Enterohemorrhagic Escherichia coli Isolates from an Outbreak
Anthony P. Underwood, Tim Dallman, Nicholas R. Thomson, Michaela Williams, Katy Harker, Neil Perry, Bob Adak, Geraldine Willshaw, Tom Cheasty, Jonathan Green, Gordon Dougan, Julian Parkhill, John Wain.
Journal of Clinical Microbiology. 2013; Jan; 51(1): 232–237.doi: 10.1128/JCM.01696-12.

"I used Beacon Designer for TaqMan assay design as well as designing probes from previously designed primers. I was able to navigate the program fairly easily so I would give high marks for ease of use. I also very much liked the interface with BLAST for potential regions of cross homology. Overall the program seemed to do a good job of providing template specific primers and probes." -Dr. Ryan Troyer, Colorado State University, United States.

"I have designed my primers using Primer Premier and the results are amazing" -Ms. Archana Adla, Auburn University, USA.

PrimerPlex  多重PCR和高通量SNP基因分型和分析的Oligo设计
PrimerPlex是一种、复杂的工具，用于设计oligo并进行多重分析。多重分析促进了单个反应容器中多个目标的扩增，减少了实验的时间和成本。
多重PCR引物设计提出了几个挑战，其中包括引物二聚体、不能分离具有类似的电泳迁移率的扩增子以及由于非特结合非靶标DNA模板导致的引导错误。PrimerPlex使用专有算法，在**过100个序列的均匀反应条件下设计优多重引物集。在池中筛选所有引物后，识别引物，并大限度地减少Tm失配，以确保特定的放大和高信号强度。在这个过程中，它在几秒钟内分析了数百万个可能的多重引物集，并给出了一个备用的列表。您可以在设计的引物对中小产品尺寸差异，以更好地可视化凝胶上的条带。为了保证引物特，引物可以从PrimerPlex对NCBI中任何可用的基因组数据库进行BLAST搜索。
Multiplex SNP Detection and High Throughput Genotyping
Multiplex PCR Primer Design
Comprehensive Assay Support
Next Generation Sequencing Assay
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