本地化服务 Chemcraft程序

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Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面：提供了能量的提取、偶较矩的可视化和一些原子性质，但没有分子轨道可视化等。

与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（这些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口，这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能，用于晶体学测量和Cartesian，反之亦然，用于单数（a,b,c等）。

构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；
 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
 应用任意几何参数的迭代算法（图6）；
 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。

当“拖动”原子或执行其他结构修改时，任何几何参数都可以控制在图像上（见图5）。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并一些附加信息来建立的（图7）。在使用这个工具之前，首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。

在使用该实用程序之前，应该选择几个原子以大程度地彼此靠近（图9这些原子标记为白色）。除了这个特性，Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。



The Coord mode allows one to import or export coordinates of atoms in text format (in angstroms or Bohrs). When switching to this mode, the text with coordinates is refreshed according to current molecule; while switching from this mode to another, the molecule is refreshed by the text (if there have been changes made in the text). The format of entered text is very free (e.g., sections with atomic coordinates from Gaussian or GAMESS-US output files can be entered). The buttons Copy and Paste can be used to quickly copy the text into clipboard or from the clipboard into the textbox. Pressing Paste twice automatically switches to the Image mode. The text is automatically refreshed for current molecule by pressing "Show sequence" or "Angstroms/Bohrs", so pressing these control keys can restore accidentally corrupted or replaced text.

Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。
分子轨道可视化的例子
Chemcraft支持一个接口，用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分（图4）。从它们的描述中提取基集，可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户gaussians来补充。
Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出；GFINPUT选项允许打印基组信息（基组中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP（NBO）实现了自然键轨道分析的打印输出，其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以从文件中看到不同的数据：原子核上的能量（能量梯度）、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性（使用量、能量）、正常模式、分子轨道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函数都可以被可视化），MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上（这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的，因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印）。对于能量表面扫描和IRC作业，所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式，基本的数据概述并以“摘要”的形式显示（SCF能量，收敛标准等）。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业，然后呈现为几个扩展节点的列表，每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外，Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化，Gaussian立方体文件也可以读取。
1.Interface of Chemcraft.
Chemcraft for Gamess users
  Chemcraft provides very detailed visualization of Gamess-US output files. The following data from the files can be presented graphically:
-  Atomic coordinates (corresponding to either all or symmetry unique atoms, if corresponding tables are presented in the file);
-  If bond order analysis is presented in the file, bonds from the file are shown on the image (otherwise, bonds are calculated by distance algorithm);
-  Energy gradient can be shown in the form of pointers (fig. 2);
-  Different atomic properties can be shown as labels on atoms: Mulliken populations and charges, spin densities, valences;

 能量梯度可以以指针的形式显示（图2）；
 不同的原子属性可以以标签的形式显示：Mulliken种群和电荷、自旋密度、价态；
 键序（以标签的形式显示在结合物上）；
 分子轨道可视为等值面或彩色平面；
 振动模式可以动画或以指针的形式（位移矢量）显示；

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