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许可形式单机和网络版
原产地丹麦
介质下载
适用平台Windows
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One of the most efficient tools to examine and manipulate a sequence is to color the background of specific residues. This is done either through the ‘Highlight residues’ dialog (Search | Highlight residues (motifs)...), F4, the highlight button A25 (in the main toolbar) or by right-click and select ‘Highlight residues’ from the pop-up menu.
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Molar Ext./Abs.@280: Theoretical extinction coefficient / absorption of the protein at 280 nm.
Highlights: Percentage of the sequence, which is inverted (highlighted) or underlined, updated dynamically.
Sel. mass: Mass of the selected (highlighted) part of the sequence. Shown as singly, doubly and triply charged peptide (i.e. residue mass + 18 + charge). Updated dynamically. Note that unlike the peptide mass shown in the toolbar of the sequence window, this is the charged ion. More on peptide selections in part 3.
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As can be seen in the sequence part of the figure, modified residues are colored (red). More
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序列处理:通过在Entrez和本地数据库(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索数据库,从许多不同格式的序列中导入序列。序列可以保存在本地(数据库)中,以备将来参考。从序列窗口可以执行大量操作。序列可以以FastA格式导出(单个序列或同时导出所有序列),以便于传输到其他程序。
质量分析:蛋白质可以通过自动方法(如定义酶作用的灵活命名法)或手动方法进行裂解。多肽显示与许多参数(各种质量值- mono, ave,电荷- Bull&Breese指数,HPLC指数,pI,电荷),并可以进一步工作(如交联,新的分裂)。
生物信息学:可显示多种图形、疏水性、点图、二级结构预测。可以在本地数据库上执行BLAST搜索。使用ClustalW的多重对齐。CustalW可执行文件现在是GPMAw包的一部分,但是在以前的版本中,您必须自己安装。
序列窗口
序列窗口是GPMAW的核心窗口并默认显示一个序列。从这里,您可以调用大多数与序列相关的函数(通过菜单、工具栏或弹出菜单)。
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