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许可形式单机
原产地美国
介质下载
适用平台windows
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AlleleID 物种识别和分类鉴别的综合软件
的实验设计
AlleleID是一款旨在解决、病原体检测或物种的综合性桌面工具。以CulsSTW多序列比对为核心，AlleleID可以设计用于物种识别/交叉物种的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探针, Molecular Beacons以及实时PCR引物。AlleleID还提供了支持可变剪切片段检测的微阵列实验设计。
物种分析/跨物种实验/等位基因分析
AlleleID使用ClustalW对序列进行排列，并分析保存和物种特定区域。您可以使用程序进行实时PCR引物设计（包含SYBR Green引物设计）和双标签探针设计（TaqMan probes,
TaqMan MGB and molecular beacons）。这些检测方法只用于进行菌株检测或从混合菌株中找到感兴趣的物种。为了进行交叉物种试验，AlleleID通过识别保守区域来设计通用探针。对于相关的生物体，当研究物种的基因组草图不可用时，可以使用AlleleID来研究其基因表达。这些强大的功能可以帮助解决了很多具有挑战性的难题，例如的检测、、定量以及污染物、环境等的监测。
Choices for Primer Design: There are two choices available for primer design, Unique and Optimal. When you choose Unique, the program designs a primer pair to amplify each sequence. For Optimal, the program minimizes the number of primers required to amplify all sequences. The goal is to minimize the synthesis and overall assay costs.
Modern Techniques for Species Identification
AlleleID® designs both real time PCR assays, including molecular beacons, TaqMan® probes, TaqMan® MGB, and SYBR® Green primers), and microarrays for bacterial identification, pathogen detection and taxa/species identification. AlleleID® uses the fast and accurate ClustalW algorithm to align sequences to identify the species specific regions.
Real Time PCR VS Traditional PCR
Real time PCR allows for the detection of PCR product during the early phases of the reaction. This ability of measuring the reaction kinetics in the early phases of PCR provide a distinct advantage over traditional PCR detection. Traditional methods use gel electrophoresis for the detection of PCR amplification in the final phase or at end-point of the PCR reaction.
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