正版软件 Chemcraft软件教程软件怎样用

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Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面：提供了能量的提取、偶较矩的可视化和一些原子性质，但没有分子轨道可视化等。

与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（这些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口，这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能，用于晶体学测量和Cartesian，反之亦然，用于单数（a,b,c等）。

构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；
 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
 应用任意几何参数的迭代算法（图6）；
 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。

当“拖动”原子或执行其他结构修改时，任何几何参数都可以控制在图像上（见图5）。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并一些附加信息来建立的（图7）。在使用这个工具之前，首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。

在使用该实用程序之前，应该选择几个原子以大程度地彼此靠近（图9这些原子标记为白色）。除了这个特性，Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。



An output file can be opened via "File/Open" menu item. When a file has been read, it is divided into separate elements presented in the Data Explorer (the hierarchical list at the left): individual geometries, vibrational modes and other. By clicking on the nodes of the list one can view individual geometries, vibrations from the file. There are five view modes for these elements: Image (picture of the molecule), Abstract (some conspectus of the element), Source (the text of the output file), Coord (Cartesian coordinates of the atoms in the molecule), Image/Abs. (split mode with picture and abstract). Image mode is the primary. Buttons and checkboxes on the panel at the left, which appear when clicking on the items of the list, allow one to visualize charges on atoms and other atomic properties, occupations and bond energies (checkboxes "Show atomic properties", "Show bond properties"), dipole moment (checkbox "Show dipole moment"), graphs with IR, Raman or electronic spectra or potential energy surface (buttons "View spectrum", "View scan graph"), show the directions of vibrational modes or forces on the nuclei (checkboxes "Show displacement vectors" for vibrations, "Show forces" for individual geometries), etc.

Chemcraft can calculate root-mean-square distances between the Cartesian coordinates of two molecular structures ("Tools/RMS compare structures" menu item, see here). Besides that, the program can merge multiple structures to allow the user to visually see the difference between them.

构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；
 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
 应用任意几何参数的迭代算法（图6）；
 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。
Chemcraft extracts molecular orbital coefficients together with basis set information from GAMESS-US output files and renders molecular orbitals in the form of isodensity surfaces or surfaces (planes, spheres) colored by density value (see fig. 3). Chemcraft provides some possibilities to perform operations with orbitals (e.g. to multiply one orbital by another). The formulas for building the orbitals are taken from the source code of PLTORB program distributed with GAMESS-US. The computation of cubes with density values is well-optimized. Note that if there are several tables of molecular orbital coefficients in the file, Chemcraft extracts each of them and allows them to be rendered (for instance, in MCSCF calculations either canonical or natural orbitals can be shown). Besides visualization of orbitals, Chemcraft provides a simple utility for automatic determination of atomic orbitals forming each molecular orbitals, which can be useful for analysis of the orbitals.
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