使用期限*
许可形式单机
原产地美国
介质下载
适用平台windows,mac
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We also added the charts you would expect to see, such as the Volcano plot, so you can view the results without resorting to the command line. Because we know you have your own favourite aligners we donÔÇÖt insist you use ours. As long as your aligner creates SAM or BAM as its output you are ready to explore your data with one of the most widely regarded RNA-Seq tools available.
BWA, Velvet, Maq, GSNAP and Tablet are only the start for Sequencher. If you are sequencing mixed populations, then combine the power of reference-guided-alignment with de novo assembly. Align reads to a reference and capture the unaligned reads for further rounds of reference-based alignment or de novo assembly.
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Multiplex ID
Sequencher 5.2或之后的用户使用基于BWA, GSNAP 或Velvet从头或基于参考组件的复用方法。复用方法快速而*。每个DNA样本都有与其相关的特定条形码。Sequencher可以阅读这些条形码并将数据分成不同的文件或‘bins’。Sequencher获取每个‘bin’中的序列，并为您执行汇编或对齐。Sequencher的Multiplex ID可与单端或成对端数据一起使用。对于成对的端数据，每个读数在5’端必须有相同的条形码，可以被识别为一对。您可以使用Tablet阅读器查看多路复用组件或对齐的结果。
SNP分析
筛选下一代测序所产生的数以百万计的读物在寻找候选SNPs时面临重大挑战。Maq和GSNAP算法都包括SNP筛选功能。Maq具有两级筛选过程，初搜索读取和参考序列之间的差异。接着，筛选初始结果的过滤步骤，寻找每列读取的相同类别的小数量，以及嵌入在高质量区域内的变体。综合报告中给出了结果，您还可以在Maqview或Tablet中查看结果。
使用GSNAP，SNP分析采取不同的方法，查看之前报告的SNPs以及新的候选SNPs。用户必须提供已知的SNPs列表以及读取和参考序列。GSNAP对所有主要和次要等位基因进行SNP耐受性排列。该算法使微小等位基因与错配区分开来。综合报告中给出了结果，您还可以在Tablet中查看结果。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
BMA
BWA是Sequencher v5.2时添加到插件家族中的。Sequencher使用BWA-MEM， BWA软件包包含了快新的算法。BWA-MEM被设计为对齐70bp到1Mbp的序列读数到参考序列中。BWA在命令行中运行。Sequencher为您提供了一个易于使用的接口，它可以使您与命令行隔离，并且不必学习或使用命令行参数。用户想要访问这些命令行函数，Advanced (Edit)对话框也允许您使用这些命令行。
GSNAP
GSNAP是Sequencher v5.0被添加到插件家族中。GSNAP使用压缩参考序列的基准参考对准的方法。当执行Next-Gen序列时，让GSNAP可以更快更简单。
GSNAP被设计用来执行Illumina-Solexa的基于参考对准和Sanger标准数据，这个标准数据是成对结尾或未成对结尾的。在GSNAP中，序列的长度不是问题，因为它可以在非常短的时间内与任意长的数据长度对齐。GSNAP可以处理Multiplex ID（MID）数据，从而进一步提高工作效率。Sequencher友好的界面允许您使用MID数据来发挥GSNAP的功能。Sequencher自动将数据按条形码分割成单的文件，使用GSNAP将它们与引用对齐，并将结果放入单的结果文件夹中。
用GSNAP进行任何对齐的结果可以在流行的Tablet浏览器中查看。
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