PC-ORD生态群落软件

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PC-ORD对电子表格中的生态数据进行多变量分析。PC-ORD的重点是非参数工具、图形表示、随机化测试和自举置信区间的社区数据分析。除了用于转换数据和管理文件的实用程序之外，PC-ORD还提供了许多统计数据包中不可用的排序和分类技术：CCA、DCA、指示物种分析、Mantel试验、部分Mantel试验、MRPP、PCoA、perMANOVA、RDA、双向聚类、TWINSPAN、Beals平滑、多样性指数、物种列表、许多排序叠加方法（定量、符号编码、颜色编码、网格、联合图、双情节、连续向量）、各种旋转方法、3D排序、Bray-Curtis排序、城市街区距离测量、物种面积曲线、树数据摘要、发布质量树图、自动驾驶模式的非度量多维范围（NMS或NMDS）。可以分析大型数据集。只要您计算机的内存够，大多数操作接受多32,000行或32,000列和多536,848,900个矩阵元素的矩阵。完整的手册包括上下文敏感的帮助系统。

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Ÿ *四角问题
因为是四个基本矩阵的排列（参见Dray和Legendre（2008,Fig.1a）和McCune 和Grace（2002,Fig.2.1）的形状x环境位置），所以通过样本单元X物种矩阵将物种性状与环境变量联系起来的方法问题被称为*四角问题。*四角分析提供了这些矩阵之间的链路强度的统计测试。*四角分析理论与数学的详细解释请参看Legendre et al. (1997), Dray和Legendre (2008), Ter Braak et al, (2012), 和 Dray et al. (2014)。 


Ÿ 二元分类
如果已给变量中，有n个分类（每个分类级别有特的值标签），然后将生成n个新的二进制（0/1）变量。每个新变量将被值为0或1的Q变量。


其他已有的分析方法
Ÿ Gower Distance
Gower（1971a）系数在相似性或相度量中是非常不寻常的，因为它可以基于定性（分类）数据、定量数据或两者的混合物来计算。分类数据作为匹配问题来处理：共享定性属性的项从该属性接收相似性单元。参看Legendre和Legendre（1998）对这个方法的详细描述。



Legendre和Legendre (1998)提出了Gower相似系数（S19）的修改版本，称之为" asymmetrical"，因为匹配零点的处理不同于非零值。它与Gower系数相同，但不包括定量变量（0,0）对,因此，部分相似度的总和不是由p变量划分的，而是由p非（0,0）对的数目来划分的。


请注意，这种“不对称”的感觉不同于矩阵对称性。如果Legendre的非对称版本Gower的相似性被转换为距离（或相），并用于建立距离矩阵，这仍然是对称矩阵。换句话说，项目A和B之间的距离与B和A之间的距离相同，即使使用Gower的相似性的不对称版本。为了避免这种混乱，PC-ORD使用菜单系统中的术语"Gower, Ignore 0,0"，并输出文件。

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