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The water flow part of the model can deal with (constant or time-varying) prescribed head and flux boundaries, as well as boundaries controlled by atmospheric conditions. Soil surface boundary conditions may change during the simulation from prescribed flux to prescribed head type conditions (and vice versa).

标准计算模型 
HYDRUS是模拟变量饱和多孔介质下的水、热和多溶质二维和三维运动的有限元计算模型。HYDRUS数值求解饱和非饱和水流的Richards方程和热传递和溶质运移的对流扩散型方程。 
水流方程包含一个下沉期，可导致植物根系吸水。热传递方程考虑了水流传导和对流运动。对流扩散的溶质运移方程的管理是一个非常普遍的形式，包括固体和液态非线性非平衡反应的规定以及液体和气体的线性平衡反应。因此，不管是吸附溶质还是挥发溶质（如）都已经考虑到了。溶质运移方程还包括了零阶生产的影响、其他溶质的立一级降解以及一阶衰减和生产反应，以便提供连续一级链中溶质间所需的耦合。运移模拟也会引起液相对流和扩散、气相扩散，因此次模型在液态和气态条件下可同时模拟溶质运移。目前HYDRUS多可考虑15种溶质，在单向链中耦合或溶质间立运移。物理非平衡溶质运移由双区和双重孔隙公式引起，  并把液相分成移动和不可移动区域。附着和分离理论，包括过滤理论，病毒、胶质和运移的模拟也包含在其中。

Additional measures are taken to improve solution efficiency in transient problems, including automatic time step adjustment and ensuring that the Courant and Peclet numbers do not exceed preset levels. The water content term is evaluated using the mass-conservative method proposed by Celia et al. (1990).

Users can also opt for relatively simple (two-dimensional rectangular geometries – 2D-Lite [which corresponds with former Hydrus-2D without MeshGen-2D] or three-dimensional hexahedral geometries – 3D-Lite) or more complex geometries (i.e., 2D-Standard for general two-dimensional geometries,
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