Geneious 分子生物学和NGS分析软件

NGS分析和基因组学

使用行业良好的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent读数(任何长度、成对端、条形码)的从头组装或参考映射。对数据的综合分析，包括基因组浏览器、持续的可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式分析。

序列图和色谱分析

修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件，正确的碱基调用并创建一致的序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。

对齐和树构建

使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和**显示。使用包括RAxML和PAUP在内的**评审算法构建系统树，并为公开准备的图形调整显示设置。

分子克隆

查看质粒图，自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。设计引物，找到CRISPR站点并优化密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。

搜索、共享和自动化

针对NCBI进行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用无缝集成的共享库集中和协作数据。导入和导出大多数行业标准文件格式。建立自动化的工作流程，以提高效率，控制业务流程，并减少您的研究中的人为错误。

Geneious新功能

新的特征包括改进的火山和PCA图用于表达分析，新的CRISPR Cpf1选项和限制站点的无表型突变分析。

SnapGene文件导出

将SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，无缝地导入序列及其注释和其他元数据。

CRISPR-CPF1特异性评分

自信地选择较佳CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分，这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。

智能NGS导入

只需一个简单的步骤就可以将任何类型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的样品和参考序列的混合物。

CRISPR Cpf1选项

添加了CRISPR-CPF1与5’PAM位点的支持。在A和T丰富序列中找到位点，并在体内具有更高的裂解效率。

RNA-Seq表达分析的火山图

在交互式火山图中可视化基因表达，可以用来**和跳转到差异表达基因。

限制性位点无表型突变分析

自动识别在不影响蛋白质的情况下引入限制位点的编码序列中的点突变。

漂亮的PCA图

具有更好的标签和新的可视化选项，创建漂亮的PCA图形。

创建酶制剂

不再从其他来源获取信息。现在您可以很*地创建您自己的酶组。

更好的FASTQ导入功能

在导入过程中，成对读取可以相互关联，而Geneious会猜出它们是如何配对的。还可以设置读取技术。

为细菌基因组比对更新Mauve插件

现在包括对序列列表的支持和用于重新排序重叠群的MCM操作，使draft基因组对齐和进行基因组整理成为可能。

更好的BLAST服务器管理

一次设置多个BLAST服务器镜像，每次搜索时，选择较好的一个。不用每次切换镜像。

NCBI BLAST云支持

有了NCBI BLAST云之后，设置您自己的BLAST镜像变得更为简单。如果您以这种方式创建一个镜像，Geneious可以与它连接起来。

按索引连接

连接序列列表并按索引对齐，而不是按照名称对齐，这对于合并不完全重叠的成对读取非常有用。

序列列表的CSV/TSV导出

将序列表中的所有序列连同它们的元数据一起导出到CSV或TSV中，这样您就可以将它们放在Excel中或类似的情况下进行进一步分析。

系统需求

Windows:

Windows 7, 8, 8.1, and 10

Note: These plugins are not supported on Windows: TopHat, Velvet Optimiser

Linux:

CentOS and Redhat 6 or higher, or Ubuntu Desktop LTS (14.04 and 16.04). Note that 32-bit linux is not supported for Geneious R10 and above. To run Geneious on Linux you also need the default desktop environment and all packages up to date with latest versions from the distribution repositories.

MacOS:

Supported mac operating systems vary depending on the version of Geneious you are running, as follows:

Geneious R11: MacOS 10.8 - 10.13

Geneious R10:  MacOS 10.8 - 10.12

Geneious R9: MacOS 10.6 - 10.12. Users on OS 10.6 will need to install Java 6 from

Geneious 5.5-8: Mac OS 10.6 - 10.11, requires installation of Java 6 from

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