HYDRUS一共五个版本，用户可以选择较适合自己版本。用户可以选择局限于一般功能的二维应用（2D-Standard版本，与之前含有MeshGen-2D的Hydrus-2D功能一致）或者二维和三维应用（如3D-Standard 或3D-Professional）。用户也可以选择相对简单的（二维直角几何图形—3D-Lite, 与之前不含MeshGen-2D的Hydrus-2D功能一致）或三维的几何立体图形– 3D-Lite）或更复杂的几何图形（用于普通二维几何图形的2D-Standard或在二维基础上以及分层三维的3D-Standard，以及用于普通三维几何图形的3D-Professional）。用户也可以选择从低版本升级到高版本。
HYDRUS可执行Marquardt-Levenberg类型参数估计技术为选定的土壤进行水力逆估计或溶质运移以及测量瞬态或稳态流和运移数据（仅在2D版本中）。此过程允许估计几个未知的参数，如观察到的水含量、压头、浓度或瞬时或累积边界通量(如渗透或流出数据)。额外的保留或水力传导率数据以及约束优化的参数补偿函数，约束优化的参数保持在可行域(贝叶斯估计)，可包含在参数估计过程中。
一个新的模块模拟地下水流人工湿地的生化转化和降解过程，此模块是为HYDRUS 的二维应用开发的(2005年的Langergraber和Simunek，2009年的Langergraber et al)。 这个模块认为大量的物理、化学和生物过程活跃在湿地，包括生物化学降解和转化过程三组分的**物质(易降解、慢慢可生物降解和惰性)，四氮的化合物(铵、亚硝酸盐、硝酸盐、和双氮)、无机磷、异养和自养微生物,溶氧和/或硫，他们同时活跃而且相互影响。
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Slope Stability
Slope Classic附加模块的目的主要用于堤防的稳定性检查,水坝,削减地球和固定挡板结构。水的影响建模使用孔隙压力的分布,这是进口自动从水蛇座*时间的结果。每个时间步的水分布可以分别进行分析。
SLOPE Cube（Slope Stress and Stability）附件模块是由科罗拉多矿业大学的Ning Lu博士合作开发的。它使用一个统一的有效应力方法饱和和不饱和的条件。这个模块的目的是用来预测infiltration-induced滑坡启动和开展variably-saturated土壤条件下的边坡稳定性分析。
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