产品描述


Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息,以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面(平面、球体)(参加图3)。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性(例如将一个轨道乘以另一个轨道)。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意,如果文件中有多个分子轨道系数表,Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染(例如,在MCSCF计算中,可以显示规范或自然轨道)。除了轨道的可视化,Chemcraft还提供了一个简单实用的工具,用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道,这对分析轨道很有用。
Chemcraft正版软件实用教程
Chemcraft对于Gamess用户
Chemcraft给Gamess-US输出文件提供了非常详细的可视化。文件中的下列数据可以以图形方式呈现:
 原子坐标(对应于所有或对称一的原子,如果在文件中呈现对应的表);
 如果文件中给出了键阶分析,文件中的结合物显示在图像上(否则通过距离算法计算结合物);
 能量梯度可以以指针的形式显示(图2);
 不同的原子属性可以以标签的形式显示:Mulliken种群和电荷、自旋密度、价态;
 键序(以标签的形式显示在结合物上);
 分子轨道可视为等值面或彩色平面;
 振动模式可以动画或以指针的形式(位移矢量)显示;
 偶较矩可视为指针;
 MO能量可以以数字形式显示。
The main capabilities of the program include:
- Rendering 3-dimensional pictures of molecules by atomic coordinates with the possibility to examine or modify any geometrical parameter in the molecule (distance, angle);
- Visualization of Gamess, Gaussian, NWChem, ADF, Molpro, Dalton, Jaguar, Orca, QChem output files: representation of individual geometries from files (optimized structure, geometry at each optimization step, etc.), animation of vibrational modes, graphical representation of gradient (forces on nuclei), visualization of molecular orbitals in form of isosurfaces or colored planes, visualization of vibrational or electronic (e.g., TDDFT) spectra, possibility to show SCF convergence graphs, and some other features;
Chemcraft正版软件实用教程
创建动画效果
Chemcraft的Windows版本可以保存多个位图文件或动画GIF文件形式的分子动画图片。下面的动画类型提供:分子旋转的动画、振动频率和PES扫描的动画。

Chemcraft正版软件实用教程
Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。
分子轨道可视化的例子
Chemcraft支持一个接口,用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分(图4)。从它们的描述中提取基集,可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户*gaussians来补充。
Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO),以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出;GFINPUT选项允许打印基组信息(基组中的基元的描述),而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP(NBO)实现了自然键轨道分析的打印输出,其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的,但不是必需的。至于GAMES文件,可以从文件中看到不同的数据:原子核上的能量(能量梯度)、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性(使用量、能量)、正常模式、分子轨道(Cartesian(6d等)或internal(5d)函数都可以被可视化),MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上(这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的,因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印)。对于能量表面扫描和IRC作业,所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式,较基本的数据概述并以“摘要”的形式显示(SCF能量,收敛标准等)。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业,然后呈现为几个扩展节点的列表,每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外,Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件(.fch), 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化,Gaussian立方体文件也可以读取。
1.Interface of Chemcraft.
Chemcraft for Gamess users
Chemcraft provides very detailed visualization of Gamess-US output files. The following data from the files can be presented graphically:
- Atomic coordinates (corresponding to either all or symmetry unique atoms, if corresponding tables are presented in the file);
- If bond order analysis is presented in the file, bonds from the file are shown on the image (otherwise, bonds are calculated by distance algorithm);
- Energy gradient can be shown in the form of pointers (fig. 2);
- Different atomic properties can be shown as labels on atoms: Mulliken populations and charges, spin densities, valences;
-/gjiiih/-

http://turntech8843.b2b168.com

产品推荐