Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher通用装配工具应用如下
基因变异与参考序列的比较
确认向量构造
组装病毒和细菌基因组
从cDNA库中集群数万个序列
将cDNA组合成基因组序列
创建引物图
组装参考
参考序列功能强大，它是测序和序列分析等的核心功能。无论您是从事法医学、系统研究、医学遗传学或人口研究，您都可能使用到参考序列功能。在GenBank格式中导入一个序列，将其特性表应用到序列中，并将其标记为一个引用序列。组装到参考序列意味着您可以将您的阅读和原型参考序列进行比较。如果您使用来自不同来源的多个示例，您甚至还可以按名称装配来自动化您的工作。
您甚至可以使用参考序列来指导去除您感兴趣区域之外的序列或者填补序列覆盖的空白。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher 5.4.6新功能
为DNA序列分析提供了全新的和增强的功能。
Sanger
Sequencher Connections中运行的 Primer-BLAST发送引物序列到您的Sequencher项目中。
在项目窗口中轻松使用一致性序列，作为NGS测序比对混合的参考序列。
新批量处理恢复结束命令。
在项目窗口中调整字体大小的功能。
NGS
GSNAP和BWA-MEM工作流更快。
构建GSNAP数据库和BWA索引，这些索引可以被重新用于与整个基因组的对齐。
查看并保存用FastQC报告的NGS原始数据文件的质量分数和元数据。
使用SAMtools在您的NGS校准中标记变量来生成不同的调用文件(VCF)。
RNA-Seq
随着Cuffquant和Cuffnorm的添加，扩展了Cufflinks套件的功能。
Cuffdiff和 Cuffnorm*一**的Conditions and Replicates编辑器。
使用自定义排序和筛选选项来增强RNA-Seq可视化功能。
使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有的DNA-Seq和RNA-Seq项目。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
FastQC质量控制报告
在开始调整数据之前，先停下来考虑一下，我们的数据到底如何？现在我们可以用FastQC Quality Reports。我们在Sequencher中添加了FastQC程序。从Sequence > Analyses > FastQ Quality Report…启动此功能，您可以得到多达12种不同的度量结果。从‘Per base sequence quality’ 到‘Kmer Content’，从Sequence Duplication Levels’ 到 ‘Overrepresented sequences’，结果给出一个易于理解的交通灯系统图以及更详细的图表。
在组装前，使用报表监控个人数据集的质量，或随时监控质量。
RNA-Seq
RNA-Seq实验正在为蛋白质编码转录物的研究带来新的理解和知识，是否从不同时间点或在正常状态和疾病状态之间的正常组织。Sequencher家族较新的程序是Cufflinks suite，专门研究RNA-Seq NGS数据的一系列程序。使用您喜欢的aligner对齐RNA-Seq NGS数据到参考序列中，然后使用SAM或BAM结果文件和参考GTF文件来启动Cufflinks。重点使用Cufflinks, Cuffmerge, Cuffdiff以及较终数据以表格和图形展示这四个步骤过程的差异表达。Cufflinks suite命令行程序可以使用我们易于使用的图形界面。对于较终控件，您也可以访问所有高级命令行函数，通过简单的点，然后单击Advanced（Edit）对话框。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Multiplex ID
Sequencher 5.2或之后的用户使用基于BWA, GSNAP 或Velvet从头或基于参考组件的复用方法。复用方法快速而*。每个DNA样本都有与其相关的特定条形码。Sequencher可以阅读这些条形码并将数据分成不同的文件或‘bins’。Sequencher获取每个‘bin’中的序列，并为您执行汇编或对齐。Sequencher的Multiplex ID可与单端或成对端数据一起使用。对于成对的端数据，每个读数在5’端必须有相同的条形码，可以被识别为一对。您可以使用Tablet阅读器查看多路复用组件或对齐的结果。
SNP分析
筛选下一代测序所产生的数以百万计的读物在寻找候选SNPs时面临重大挑战。Maq和GSNAP算法都包括SNP筛选功能。Maq具有两级筛选过程，较初搜索读取和参考序列之间的差异。接着，筛选初始结果的过滤步骤，寻找每列读取的相同类别的较小数量，以及嵌入在高质量区域内的变体。综合报告中给出了结果，您还可以在Maqview或Tablet中查看结果。
使用GSNAP，SNP分析采取不同的方法，查看之前报告的SNPs以及新的候选SNPs。用户必须提供已知的SNPs列表以及读取和参考序列。GSNAP对所有主要和次要等位基因进行SNP耐受性排列。该算法使微小等位基因与错配区分开来。综合报告中给出了结果，您还可以在Tablet中查看结果。
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