销售sequencher软件教你怎么用

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Find Amino Acids
Sequencher中的Find Amino Acids命令允许快速识别数据中的个体或氨基酸序列。使用单字母代码，插入您希望找到的氨基酸，Sequencher会发现并**那些氨基酸序列中的碱基。Sequencher通过在Find Amino Acids窗口选择Find Next按钮，可以轻松地进入符合搜索的下一组碱基。


方差表
SNP分析的有力工具
现在有一种非常简单的方法来比较DNA序列或重叠序列，并点击几下就可以找到这些序列之间的所有差异。方差表让您筛选大量的序列数据，这样您就可以快速可视化您较感兴趣的碱基。方差表中的每个单元格都链接到其原始数据，因此您可以直接在表中直接验证或编辑每个假定的差异，并使序列和色谱数据自动更新。一旦发现所有差异，Sequencher会为您提供多种导出和报表选项。


转换方差表
转换方差表总结了选定的一组样品中的所有氨基酸差异。因为表与底层序列数据相连，所以它是验证突变导致氨基酸转换改变和检查表达载体的理想选择。
与将引用匹配为空白单元格的方差表不同，转换后的方差表以浅灰色显示匹配。这让您能看到密码子的差异，这些密码子仍然会导致氨基酸的匹配。您甚至可以在复查模式中同时看到方差表和转换方差表，这样您就可以精确地确定哪一个DNA序列改变导致蛋白质序列改变。


报告
Sequencher输出报表创建数据的可打印版本。这些报告提供了分析工具，例如在人口报告中对类似样本进行聚类。人口报告是方差表中数据的一总结。每个人口报告由两种类型的表组成：一个人口表和几个单独的详细表，它们描述了人口表中的每个组。


Sequencher中方差详细报告提供了支持方差表的所有信息。与个别差异报告一样，汇总表列出每个样本或列的变体。另外，在差异详细报告中，详细表遵循所描述的变体中的每一个的变体表。本表中的详细内容包括序列名称、方向以及任何数据的碱基调用，有助于调用变体。如果置信度或色谱数据可用，这也包括在表中的每个序列中。色谱数据包括二次峰分布的细节和每个变体多达六个踪迹的色谱图，尽管每个变体的踪迹数量是可配置的。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
MUSCLE
MUSCLE是一个多序列比对(MSA)程序，从5.1版本开始加入Sequencher插件。它加入了Clustal，使它成为了Sequencher DNS-Seq工具的*二大的MSA项目。它的速度和精确度都很好，与其他的多序列排列程序相比，它是非常有优势的。MUSCLE在排序过程中主要有四个主要的步骤。第一步是使用k-mer集群来构建一个距离矩阵，然后将其转换为树。第二步使用这棵树来指导一个渐进的对齐。在最后的两个步骤中，MUSCLE算法尝试了许多不同的方法，以确定是否有可能改善树，从而实现多重对齐。


一旦整个过程完成，MUSCLE就会完成对齐，您会在Sequencher中看到以连续函数显示的结果。使用Sequencher的工具来注释您的对齐或导出您的对齐，并将其放入一个特殊的系统遗传程序中。


MUSCLE是一个命令行程序，这意味着通常您会通过终端应用程序来使用这个程序。Sequencher开放了用户访问MUSCLE权限，而不需要学习使用UNIX命令行来操作。


限制性图
Sequencher提供了一套丰富的工具，用于生成DNA序列的线性限制图。通过频率、悬垂的性质或识别序列的长度来筛选酶的选择。


您还可以*特定的向量和多连接序列来帮助您创建克隆策略。


支持信任值
Sequencher在项目窗口、序列编辑器和序列获取信息窗口中显示可信度和汇总置信度信息（如果在DNA序列文件中可用）。因此，您可以轻松地监视数据的质量。


您甚至可以为您的置信值*截止范围，并通过颜色代码查看这些范围。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Multiplex ID
Sequencher 5.2或之后的用户使用基于BWA, GSNAP 或Velvet从头或基于参考组件的复用方法。复用方法快速而*。每个DNA样本都有与其相关的特定条形码。Sequencher可以阅读这些条形码并将数据分成不同的文件或‘bins’。Sequencher获取每个‘bin’中的序列，并为您执行汇编或对齐。Sequencher的Multiplex ID可与单端或成对端数据一起使用。对于成对的端数据，每个读数在5’端必须有相同的条形码，可以被识别为一对。您可以使用Tablet阅读器查看多路复用组件或对齐的结果。


SNP分析
筛选下一代测序所产生的数以百万计的读物在寻找候选SNPs时面临重大挑战。Maq和GSNAP算法都包括SNP筛选功能。Maq具有两级筛选过程，较初搜索读取和参考序列之间的差异。接着，筛选初始结果的过滤步骤，寻找每列读取的相同类别的较小数量，以及嵌入在高质量区域内的变体。综合报告中给出了结果，您还可以在Maqview或Tablet中查看结果。


使用GSNAP，SNP分析采取不同的方法，查看之前报告的SNPs以及新的候选SNPs。用户必须提供已知的SNPs列表以及读取和参考序列。GSNAP对所有主要和次要等位基因进行SNP耐受性排列。该算法使微小等位基因与错配区分开来。综合报告中给出了结果，您还可以在Tablet中查看结果。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
多序列比对
Clustal
从4.9版本开始，Clustal已经成为Sequencher一系列插件的一部分。它是一种被广泛使用的多序列比对程序，它通过确定一组序列中的所有成对排列来进行工作，构造一个树状图以近似相似的方式对序列进行分组，然后使用dendogram作为向导来执行该序列。您可以使用Clustal来直接从Sequencher项目窗口中排列您的序列。从一系列参数中选择控制对齐过程。
一旦完成对齐，您可以看到Sequencher中一个或多个重叠的结果，您还可以进行多种分析。
通过将Clustal与Sequencher的功能结合起来，将不同来源的多个序列排列在一起，加速您的集群的排列。最后以不同的格式导出文件，如MSF、Phylip、NEXUS和FastA，在其他程序中使用或者简单地创建一致性并导出。