Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Connections
Sequencher Connections代表了对序列或序列组执行多重分析的一种新方法。连接通过设置对不同的分析使用不同的参数或数据库通道，从而扩展了Sequencher的强大功能。通过同时对不同通道上的多个序列或序列组进行分析，Sequencher连接可以加快用户获取结果的速度。
现在，Sequencher Connections变得更加灵活和可定制化。现有的连接会话可以重新打开，并为它们添加新的序列. 连接可以根据项目来重命名。现在有更多的选项可以在连接会话中添加通道，并且每个通道也可以命名。
您可以在连接会话中对单个序列进行BLAST搜索。可以在每个通道上使用不同的参数或数据库设置来搜索NCBI数据库。可以在您的计算机上设置Local-BLAST通道来搜索数据库。您还可以设置一个Primer-BLAST通道，在感兴趣的区域中设计引物，并将这些引物序列发送给您的Sequencher产品。引物序列将有彩色的碱基和应用于它们的引物特征。这个示意图显示了一个窗口中的多个通道的结果，以便您可以比较不同运行的结果。
您的连接会话将自动保存在您的项目中。使用新的会话启动器，可以很*创建一个新会话，并将更多的数据添加到现有会话中，或者简单地回顾和重新运行旧会话，以查看是否添加了您之前查询的数据库中的任何新的兴趣序列。使用示意图提供您的BLAST, Local-BLAST以及Primer-BLAST分析的图形概述。同时，可以同时打开多个会话，这意味着您可以轻松的查看结果。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
新一代测序技术
Gene Codes公司致力于为您带来各种各样的序列和汇编算法，既会在专业期刊上发布，也可以让非工程师访问它们。例如，GSNAP(Tom Wu, Genentech, Inc.) 被认为是正确识别拼接结的较佳算法之一。
对大多数用户来说，如果我们有一些工具来帮助我们了解所有可用的标记和参数是什么以及它们如何影响程序，工作效率会有效提高。Sequencher界面可以帮助您选择选项、设置值，并通过描述和工具提示了解可用的功能。
仅需几步就可以执行SNP分析、甲基化分析或RNA A-G耐受性比对。
在Tablet上查看您的结果。
BWA, Velvet, Maq, GSNAP和Tablet只是Sequencher功能的基础。如果您正在对混合种群进行测序，那么就把参考向导队列与从头组装结合起来。将读数对齐到引用中并捕获未对齐的读数，以进一步参考基准排列或从头装配。
通过添加Cufflinks套件，您可以使用与我们开发的所有NGS算法相同的界面来执行rna-seq微分表达式。
我们还添加了您希望看到的图表，比如火山图，这样您就可以在不使用命令行的情况下查看结果。因为我们知道用户有自己喜欢的aligner，因此我们不会坚持让您用我们的aligner。只要您的aligner创建SAM或BAM作为输出，您就可以使用较广泛使用的rna-seq工具之一来探索您的数据。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher通用装配工具应用如下
基因变异与参考序列的比较
确认向量构造
组装病毒和细菌基因组
从cDNA库中集群数万个序列
将cDNA组合成基因组序列
创建引物图
组装参考
参考序列功能强大，它是测序和序列分析等的核心功能。无论您是从事法医学、系统研究、医学遗传学或人口研究，您都可能使用到参考序列功能。在GenBank格式中导入一个序列，将其特性表应用到序列中，并将其标记为一个引用序列。组装到参考序列意味着您可以将您的阅读和原型参考序列进行比较。如果您使用来自不同来源的多个示例，您甚至还可以按名称装配来自动化您的工作。
您甚至可以使用参考序列来指导去除您感兴趣区域之外的序列或者填补序列覆盖的空白。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
自动化分析
Sequencher批量处理您的DNA序列数据的方式是透明的、用户可定义的以及可恢复的，
Sequencher不会为了自动化而影的科学结论的有效性。Sequencher总是给您序列编辑的较终选择。
Sequencher始终保持两个数据副本，编辑的和原始导入的数据。当将恢复到实验数据命令应用到项目中的序列选择或序列中的基础选择时，可以撤消所有或部分编辑内容。按名称组装工具允许您选择片段名称的一部分作为作为共享标识符或“汇编句柄”。Sequencher自动选择和命名重叠群。Sequencher甚至支持正则表达式匹配来设置一的ID！
例如，通过点击一个按钮，您可以将90个文件、45对正向和反向序列转换成45个根据患者ID命名的重叠群。序列组装参数的更改会重新组合片段，因此，您可以根据克隆ID、日期、引物或您在序列名称中记录的任何其他特征来组装重叠群。
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