Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
BMA
BWA是Sequencher v5.2时添加到插件家族中的。Sequencher使用BWA-MEM， BWA软件包包含了较快较新的算法。BWA-MEM被设计为对齐70bp到1Mbp的序列读数到参考序列中。BWA在命令行中运行。Sequencher为您提供了一个易于使用的接口，它可以使您与命令行隔离，并且不必学习或使用命令行参数。*用户想要访问这些命令行函数，Advanced (Edit)对话框也允许您使用这些命令行。
GSNAP
GSNAP是Sequencher v5.0被添加到插件家族中。GSNAP使用压缩参考序列的基准参考对准的高效方法。当执行Next-Gen序列时，让GSNAP可以更快更简单。
GSNAP被设计用来执行Illumina-Solexa的基于参考对准和Sanger标准数据，这个标准数据是成对结尾或未成对结尾的。在GSNAP中，序列的长度不是问题，因为它可以在非常短的时间内与任意长的数据长度对齐。GSNAP可以处理Multiplex ID（MID）数据，从而进一步提高工作效率。Sequencher友好的界面允许您使用MID数据来发挥GSNAP的功能。Sequencher自动将数据按条形码分割成单独的文件，使用GSNAP将它们与引用对齐，并将结果放入单独的结果文件夹中。
用GSNAP进行任何对齐的结果可以在流行的Tablet浏览器中查看。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher的Reference Sequence是一个强大的功能，它控制着编号、特征以及更多的功能。与Variance Table结合一起使用，可以很*地确定您是在看已知的还是未报告的SNPs。使用Clustal，从Sequencher的项目桌面直接对齐序列。当有来自不同来源的多个样本时，您甚至可以使用Clustal的名称。创建工作报告，来自Variance Table的PDF报告，是一个分享您的信息的好方法，保存在您的实验室笔记中或者在演示文稿中使用。自定义工作区，控制窗口的位置，并使用标签来区分序列和重叠群。使用主题和**显示来识别序列区域。在模板中维持所有设置，以便您和您的同事可以使用相同的标准操作程序。
自定义工作区
可以自定义窗口的默认位置，Sequencher会记住您的设置格式和一致性选项。您还可以保存所有的设置，包括Reference Sequence,作为Project Template，可以重复使用，节省分析设置时间。
使用主题来**您定义的子序列
记住会话间的标尺设置
为您的工作风格选择较佳的窗口布局并保存它们
自定义项目窗口的显示
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sanger序列
Sequencher使传统的序列装配变得*，同时又能让您保持对序列的控制。精简数据质量差的序列。您甚至可以创建一个整洁的标准库，让一切变得更简单。通过直观的控制，您可以为数据选择较佳算法，包括汇编到参考中。如果您正在处理来自不同来源的多个示例，可以通过名称来对它们进行自动装配。使用工具编辑数据从来没有如此简单过，帮助您定位和处理模棱两可的问题，还可以检查杂合子并移动您的数据。使用信任值帮助修整数据、质量检查和SNP检测，以提高数据结果的质量。
序列编辑
Sequencher提供一个DNA序列编辑工具，您需要确保这个序列是**正确的。您可以在一个序列中查看一次您的色谱数据或在正向和反向方向查看多个对齐的色谱图。
它可以快速、方便地滚动对齐的数据，或者可以使用Sequencher的选择工具来**区域的差异或低质量。
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以较少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Maq
Maq是Sequencher v5.0时被添加到插件家族中的。流行的Maq算法将Next-Generation数据的单端和成对端对准参考序列。较初设计为对齐Illumina-Solexa数据，可以对齐任何短的读取数据（63 bases或更少）。参考序列可能是FastA或GenBank的文件形式。Maq使用二进制格式压缩引用和读取文件。较重要的是，Maq需要很少的内存来运行，这使得执行下一代测序更*。它也适用于大约二百万个阅读的小项目，尽管有可能把较大的项目拆掉，然后合并结果。您的对齐结果可以在Maqview或Tablet中查看。
较初Maq是在命令行上运行的。Sequencher提供了一个简单、易于使用的接口，它可以保护您不受命令行的影响，也不必学习如何使用命令行参数。
SAMtools的变异调用
已经排序和对齐，接下来检查使用新的变体调用特征对变体进行对齐。您是否已经把您的读数与我们的参考引导对齐或者您已经将您的SAM/BAM文件导出到别处，您仍然可以使用SAMtools的变量调用检查变量。
此分析可用于SNP耐受性对齐、甲基化耐受性对齐或GSNAP中的新RNA A-I编辑耐受模式。然后将生成的VCF文件和SAM文件加载到您喜欢的浏览器中，如果您没有自己喜欢的浏览器，可以用Tablet—我们DNA-Seq工具分布的一部分。提供带有注释的GTF文件的Tablet，您还可以在特性中看到变体。
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