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If the output file contains bonds between atoms, derived from population analysis (Mulliken or NBO), Chemcraft renders these bonds on the image of molecule, otherwise the bonds are identified automatically using the distance algorithm. If the checkbox "Show bond properties" is enabled for an individual element of the list, this is the evidence that the bonds have been read from the file for this geometry. For Gaussian computations, POP(NBO) must be specified in the input file for bonds to be printed in the output file. In GAMESS-US log files the bonds are usually printed; by default, only bonds with bond order not less than 0.25 are shown in the image (this value can be altered in "Tools/Preferences/Gamess").
Chemcraft中文教程
Chemcraft provides the possibility to save in GAMESS/Gaussian input format molecular orbitals read from a file, which can be used as an initial guess for a new calculation ("Tools/Orbitals/Convert orbitals into input format/" menu items or "Tools/Convert orbitals into input format" items in Data Explorer at the left).
Chemcraft中文教程
Chemcraft从NMR计算(GIAO,CSGT)的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具,用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。
Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面:提供了能量的提取、偶较矩的可视化和一些原子性质,但没有分子轨道可视化等。
与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(这些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口,这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能,用于晶体学测量和Cartesian,反之亦然,用于单数(a,b,c等)。
The program provides structured presentation of output files. The file being read is divided into separate elements, such as individual geometries or vibrational modes. For each element all available data is extracted from the file: atomic coordinates, energy gradient, etc. All elements are presented in hierarchical list (see fig. 1). Clicking on the elements of the list automatically displays individual geometries or modes on the image and allows different properties to be visualized. This interface provides reliable visualization of computational data, including non-standard types of calculation, incomplete calculations, etc. It also allows complicated files with multiple calculation jobs to be visualized. For energy scan or IRC calculations, all geometries are divided into groups by scan/IRC steps. Besides graphical presentation of data, Chemcraft outlines the most essential parts of output file and shows a brief "abstract" for each element of the file.
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The menu "Display" allows one to choose the graphical scheme, in which the molecule is rendered. Each scheme is defined by a set of parameters, such as sizes and colors of individual atoms and bonds, parameters of lighting, etc. The "Display/Customize" menu item allows the parameters in current schemes to be altered
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