诚信代理 Chemcraft软件教程之中文教程

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 能量梯度可以以指针的形式显示（图2）；
 不同的原子属性可以以标签的形式显示：Mulliken种群和电荷、自旋密度、价态；
 键序（以标签的形式显示在结合物上）；
 分子轨道可视为等值面或彩色平面；
 振动模式可以动画或以指针的形式（位移矢量）显示；


Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素，例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。

Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息，以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面（平面、球体）（参加图3）。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性（例如将一个轨道乘以另一个轨道）。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意，如果文件中有多个分子轨道系数表，Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染（例如，在MCSCF计算中，可以显示规范或自然轨道）。除了轨道的可视化，Chemcraft还提供了一个简单实用的工具，用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道，这对分析轨道很有用。

Chemcraft支持一个接口，用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分（图4）。从它们的描述中提取基集，可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户gaussians来补充。

Chemcraft从NMR计算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具，用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。


Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。
分子轨道可视化的例子
Chemcraft支持一个接口，用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分（图4）。从它们的描述中提取基集，可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户gaussians来补充。
Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出；GFINPUT选项允许打印基组信息（基组中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP（NBO）实现了自然键轨道分析的打印输出，其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以从文件中看到不同的数据：原子核上的能量（能量梯度）、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性（使用量、能量）、正常模式、分子轨道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函数都可以被可视化），MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上（这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的，因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印）。对于能量表面扫描和IRC作业，所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式，基本的数据概述并以“摘要”的形式显示（SCF能量，收敛标准等）。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业，然后呈现为几个扩展节点的列表，每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外，Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化，Gaussian立方体文件也可以读取。
1.Interface of Chemcraft.
Chemcraft for Gamess users
  Chemcraft provides very detailed visualization of Gamess-US output files. The following data from the files can be presented graphically:
-  Atomic coordinates (corresponding to either all or symmetry unique atoms, if corresponding tables are presented in the file);
-  If bond order analysis is presented in the file, bonds from the file are shown on the image (otherwise, bonds are calculated by distance algorithm);
-  Energy gradient can be shown in the form of pointers (fig. 2);
-  Different atomic properties can be shown as labels on atoms: Mulliken populations and charges, spin densities, valences;

Chemcraft对于Gamess用户
Chemcraft给Gamess-US输出文件提供了非常详细的可视化。文件中的下列数据可以以图形方式呈现：
 原子坐标（对应于所有或对称的原子，如果在文件中呈现对应的表）；
 如果文件中给出了键阶分析，文件中的结合物显示在图像上（否则通过距离算法计算结合物）；

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