Beacon designer软件教程软件怎么用

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帮助您评估预先设计的SYBR Green PCR引物集。您可以完全控制设计参数，或者您可以使用默认值，在经过大量的研究和与的交流之后选择。您甚至可以为您的特定研究需求选择您自己的默认设计参数。
除了在感兴趣的基因上定位引物外，信标设计者还可以设计外显子或外显子内含子连接的引物。这些引物设计的外显子内含子连接有助于选择性帮助从gDNA选择性扩增cDNA。

自动化实时PCR引物和探针设计
Beacon Designer可以自动设计实时引物和探针。它被世界各地的分子生物学家用来设计成功的实时PCR分析。它节省了很多失败的实验所浪费的时间和金钱。Beacon Designer是实时引物和探头设计的灵活的解决方案。




Designing MethyLight assays
Beacon Designer™ designs TaqMan® probes & methyl sensitive PCR primers. The MethyLight assays involves treatment of genomic DNA with sodium bisulphite followed by an alkaline treatment. Beacon Designer™ displays the corresponding bisulphite treated strand when the genomic sequence is provided. The program designs primers and TaqMan® probes for the specified CpG islands. You can also design suitable control primers and probes by designing them for unmethylated and untreated DNA sequences. These primers and TaqMan® probes are highly specific as they are designed by avoiding regions of significant cross homology identified by automatically interpreting BLAST search results. Template structures are also avoided during the design.

DNA Methylation Mechanism
In DNA, methylation usually occurs in the CpG islands, a CG rich region, upstream of the promoter region. The letter "p" here signifies that the C and G are connected by a phosphodiester bond. In humans, DNA methylation is carried out by a group of enzymes called DNA methyltransferases. These enzymes not only determine the DNA methylation patterns during the early development, but are also responsible for copying these patterns to the strands generated from DNA replication.

Salient Features Supported for MethyLight Assays in Beacon Designer™
a) Prediction of CpG islands in the DNA sequence.
b) Design methyl specific primers and TaqMan® probes.
c) Design suitable control primers and TaqMan® probes for corresponding unmethylated and untreated sequences.
d) Analyze pre-designed/published primers and/or TaqMan® probes and design of compatible oligos.
e) Primers and TaqMan® probes are designed by avoiding regions of homology identified by automatically interpreting BLAST search results.
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