正版软件 GPMAW正版软件使用教程

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质量分析:蛋白质可以通过自动方法(如定义酶作用的灵活命名法)或手动方法进行裂解。多肽显示与许多参数(各种质量值- mono, ave，电荷- Bull&Breese指数，HPLC指数，pI，电荷)，并可以进一步工作(如交联，新的分裂)。

生物信息学:可显示多种图形、疏水性、点图、二级结构预测。可以在本地数据库上执行BLAST搜索。使用ClustalW的多重对齐。CustalW可执行文件现在是GPMAw包的一部分，但是在以前的版本中，您必须自己安装。

The GPMAW program is primarily intended as a tool for mass spectrometric analysis of proteins and peptides. However, a number of other bioinformatics tools have been included, so the use of the program extends far beyond simple mass analysis.


Information:
Termini: Name and composition of the N- and C-termini.
Modified residues: Name, position and composition of all individually modified residues (not the ones changed globally through the mass table).
Cross-linked residues: Residues that are cross-linked, typically cysteine residues (see B-3).
Net charge: The theoretical charge of the protein at pH 2.0, 7.0 and user-selected pH (Setup).

肽窗口列出了从给定蛋白质产生的所有肽以及大量（>20）物理化学参数。
充电-单次/多次/负/正
肽数
位置
液相色谱指数
理论PI
布尔和布雷斯指数
序列-1/3字母等

肽可以通过部分解理生成（图中蓝色上标表示），改性界点、改性残渣，即使是部分修改也得到有限的支持。为便于在序列窗口中引用着色的特定残留物而被带到这个窗口。用户可以配置显示的实际参数。通过单击标题，可以对任何列进行排序。*二次单击将反转排序。通过工具栏和/或弹出菜单（鼠标右键单击），您可以访问与消化（如模拟的HPLC反相色谱图）或当前所选肽（MS/MS裂解、肽信息、电荷与ph图）相关的其他功能。
自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的页上，您将找到以下选择：


序列处理:通过在Entrez和本地数据库(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索数据库，从许多不同格式的序列中导入序列。序列可以保存在本地(数据库)中，以备将来参考。从序列窗口可以执行大量操作。序列可以以FastA格式导出(单个序列或同时导出所有序列)，以便于传输到其他程序。
质量分析:蛋白质可以通过自动方法(如定义酶作用的灵活命名法)或手动方法进行裂解。多肽显示与许多参数(各种质量值- mono, ave，电荷- Bull&Breese指数，HPLC指数，pI，电荷)，并可以进一步工作(如交联，新的分裂)。
生物信息学:可显示多种图形、疏水性、点图、二级结构预测。可以在本地数据库上执行BLAST搜索。使用ClustalW的多重对齐。CustalW可执行文件现在是GPMAw包的一部分，但是在以前的版本中，您必须自己安装。
序列窗口
序列窗口是GPMAW的核心窗口并默认显示一个序列。从这里，您可以调用大多数与序列相关的函数（通过菜单、工具栏或弹出菜单）。
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