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Restriction Mapping
Sequencher provides a rich set of tools for generating linear restriction maps of your DNA sequence. Filter your enzyme selection by frequency, nature of the overhang, or length of recognition sequence.

BWA, Velvet, Maq, GSNAP and Tablet are only the start for Sequencher.   If you are sequencing mixed populations, then combine the power of reference-guided-alignment with de novo assembly. Align reads to a reference and capture the unaligned reads for further rounds of reference-based alignment or de novo assembly.

For example, with the click of a button you can convert 90 files, 45 pairs of forward and reverse sequences, into 45 contigs named according to your Patient IDs. A change in your sequence assembly parameters regroups your fragments, so you can assemble the contigs according to Clone ID, Date, Primer, or any other characteristic you record in your sequence names.

MUSCLE is a command line program, which means that normally you would be using this program through a Terminal application. Sequencher gives you access to MUSCLE’s power without the problems of learning to use the UNIX command line.
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