诚信代理 AlleleID怎么用

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Real Time PCR & Microarray Primer/Probe Design for Cross Species and Taxa Specific Applications
For cross species assays, AlleleID® identifies the conserved regions to design a universal probe. This functionality is especially useful to detect a species or a taxa when designing a diagnostic assay. This functionality is also useful to help study gene expression when genome draft of the organism under study is not available.

Real Time PCR
Introduction to Real Time PCR
As the name suggests, real time PCR is a technique used to monitor the progress of a PCR reaction in real time. At the same time, a relatively small amount of PCR product (DNA, cDNA or RNA) can be quantified. Real Time PCR is based on the detection of the fluorescence produced by a reporter molecule which increases, as the reaction proceeds. This occurs due to the accumulation of the PCR product with each cycle of amplification. These fluorescent reporter molecules include dyes that bind to the double-stranded DNA (i.e. SYBR® Green ) or sequence specific probes (i.e. Molecular Beacons or TaqMan® Probes). Real time PCR facilitates the monitoring of the reaction as it progresses. One can start with minimal amounts of nucleic acid and quantify the end product accurately. Moreover, there is no need for the post PCR processing which saves the resources and the time. These advantages of the fluorescence based real time PCR technique have completely revolutionized the approach to PCR-based quantification of DNA and RNA. Real time PCR assays are now easy to perform, have high sensitivity, more specificity, and provide scope for automation. Real time PCR is also referred to as real time RT PCR which has the additional cycle of reverse transcription that leads to formation of a DNA molecule from a RNA molecule. This is done because RNA is less stable as compared to DNA

Limitations of End-point PCR
In a PCR reaction as the reaction progresses, the reagents are being consumed as a result of amplification. Now the PCR product is no longer being doubled at each cycle due to this reagent constraint. This depletion will occur at different rates for each replicate. Thus, the samples begin to diverge in their quantities. This diminished amplification is the linear phase of the reaction. The plateau for each tube will differ due to the different reaction kinetics for each sample. It is in this phase where traditional PCR takes its measurement, also known as the end-point. This End-Point Detection has some problems such as low resolution, poor precision, low sensitivity and the need for post PCR processing. Also, the results of this detection are not expressed in numbers and there is no scope for automation.

Sophisticated Algorithms for Assay Success
Highly specific oligos are designed by avoiding regions of significant homologies found by automatically interpreting BLAST search results. Real time PCR primer & probe efficiency is enhanced by avoiding template secondary structures. "Minimal Set", one of the most innovative features in the program, helps design the fewest number of allele specific oligonucleotide primers and dual labeled probes that uniquely identify each of the desired species/strain/taxa from the mix, lowering assay costs. For taxa or cross species assays, this feature is especially useful when the group or taxa is highly dissimilar. For a partial set of pre-designed, proven set of primers, AlleleID® can design compatible primers and probes for the rest of sequences for species identification or taxa specific assays.
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