sequencher怎么用 本地化服务

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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher的Reference Sequence是一个强大的功能，它控制着编号、特征以及更多的功能。与Variance Table结合一起使用，可以很*地确定您是在看已知的还是未报告的SNPs。使用Clustal，从Sequencher的项目桌面直接对齐序列。当有来自不同来源的多个样本时，您甚至可以使用Clustal的名称。创建工作报告，来自Variance Table的PDF报告，是一个分享您的信息的好方法，保存在您的实验室笔记中或者在演示文稿中使用。自定义工作区，控制窗口的位置，并使用标签来区分序列和重叠群。使用主题和**显示来识别序列区域。在模板中维持所有设置，以便您和您的同事可以使用相同的标准操作程序。


自定义工作区
可以自定义窗口的默认位置，Sequencher会记住您的设置格式和一致性选项。您还可以保存所有的设置，包括Reference Sequence,作为Project Template，可以重复使用，节省分析设置时间。


Ÿ 使用主题来**您定义的子序列
Ÿ 记住会话间的标尺设置
Ÿ 为您的工作风格选择佳的窗口布局并保存它们
Ÿ 自定义项目窗口的显示

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher通用装配工具应用如下
Ÿ 基因变异与参考序列的比较
Ÿ 确认向量构造
Ÿ 组装病毒和基因组
Ÿ 从cDNA库中集群数万个序列
Ÿ 将cDNA组合成基因组序列
Ÿ 创建引物图


组装参考
参考序列功能强大，它是测序和序列分析等的核心功能。无论您是从事法、系统研究、遗传学或人口研究，您都可能使用到参考序列功能。在GenBank格式中导入一个序列，将其特性表应用到序列中，并将其标记为一个引用序列。组装到参考序列意味着您可以将您的阅读和原型参考序列进行比较。如果您使用来自不同来源的多个示例，您甚至还可以按名称装配来自动化您的工作。


您甚至可以使用参考序列来去除您感兴趣区域之外的序列或者填补序列覆盖的空白。

You can do BLAST searches in a Connections Session for individual sequences. Channels can be set up to search the NCBI databases with different parameters or databases used on each channel. Local-BLAST channels can be set up to search databases on your machine. You can also set up a Primer-BLAST channel to design primers over a region of interest and send those primer sequences to your Sequencher product.  The primer sequences will have colored bases and the primer feature applied to them. The Schematic shows the results from multiple channels in a single window to allow you to compare the results from different runs.

MUSCLE is said to have four major steps in its alignment process. The first step constructs a distance matrix between pairs of sequences using k-mer clustering, this is then converted into a tree. The second step uses this tree to guide a progressive alignment. In the final two steps, the MUSCLE algorithm tries a number of different methods to see if it is possible to improve the tree and hence the multiple alignment.
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