保证正版 Chemcraft软件怎样用

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Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素，例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。

Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息，以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面（平面、球体）（参加图3）。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性（例如将一个轨道乘以另一个轨道）。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意，如果文件中有多个分子轨道系数表，Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染（例如，在MCSCF计算中，可以显示规范或自然轨道）。除了轨道的可视化，Chemcraft还提供了一个简单实用的工具，用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道，这对分析轨道很有用。

Chemcraft支持一个接口，用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分（图4）。从它们的描述中提取基集，可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户gaussians来补充。

Chemcraft从NMR计算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具，用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。


The "Edit/Drag atoms" menu item or button  allows the atoms in the molecule's image to be moved using the mouse. When dragging an atom one can move it in the Z direction (in parallel with the view) using the keys Num2/Num8 (while the left mouse button is pressed). The buttons ,  ,  switch between "drag atoms", "drag fragments" and "drag molecules" modes, the latter two modes allow one to drag and rotate groups of several atoms (for details, see Constructing molecules). When a group of atoms is dragged, the buttons Num1-Num9 rotate it or move it in the Z direction.

能量梯度可视化实例
Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息，以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面（平面、球体）（参加图3）。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性（例如将一个轨道乘以另一个轨道）。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意，如果文件中有多个分子轨道系数表，Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染（例如，在MCSCF计算中，可以显示规范或自然轨道）。除了轨道的可视化，Chemcraft还提供了一个简单实用的工具，用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道，这对分析轨道很有用。
Chemcraft basics
  Chemcraft comprises a set of graphical tools for facilitating working with quantum chemistry computations. It provides convenient utilities, which help to prepare new jobs for calculation and analyze computed results. Among the main functions of the program is visualization of output files produced by quantum-chemical packages. The main supported packages are Gamess (US version and the PCGamess) and Gaussian94-09.

构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；
 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
 应用任意几何参数的迭代算法（图6）；
 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。
Chemcraft extracts molecular orbital coefficients together with basis set information from GAMESS-US output files and renders molecular orbitals in the form of isodensity surfaces or surfaces (planes, spheres) colored by density value (see fig. 3). Chemcraft provides some possibilities to perform operations with orbitals (e.g. to multiply one orbital by another). The formulas for building the orbitals are taken from the source code of PLTORB program distributed with GAMESS-US. The computation of cubes with density values is well-optimized. Note that if there are several tables of molecular orbital coefficients in the file, Chemcraft extracts each of them and allows them to be rendered (for instance, in MCSCF calculations either canonical or natural orbitals can be shown). Besides visualization of orbitals, Chemcraft provides a simple utility for automatic determination of atomic orbitals forming each molecular orbitals, which can be useful for analysis of the orbitals.
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