使用期限*
许可形式单机
原产地美国
介质下载
适用平台windows,mac
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
BMA
BWA是Sequencher v5.2时添加到插件家族中的。Sequencher使用BWA-MEM, BWA软件包包含了快新的算法。BWA-MEM被设计为对齐70bp到1Mbp的序列读数到参考序列中。BWA在命令行中运行。Sequencher为您提供了一个易于使用的接口,它可以使您与命令行隔离,并且不必学习或使用命令行参数。用户想要访问这些命令行函数,Advanced (Edit)对话框也允许您使用这些命令行。
GSNAP
GSNAP是Sequencher v5.0被添加到插件家族中。GSNAP使用压缩参考序列的基准参考对准的方法。当执行Next-Gen序列时,让GSNAP可以更快更简单。
GSNAP被设计用来执行Illumina-Solexa的基于参考对准和Sanger标准数据,这个标准数据是成对结尾或未成对结尾的。在GSNAP中,序列的长度不是问题,因为它可以在非常短的时间内与任意长的数据长度对齐。GSNAP可以处理Multiplex ID(MID)数据,从而进一步提高工作效率。Sequencher友好的界面允许您使用MID数据来发挥GSNAP的功能。Sequencher自动将数据按条形码分割成单的文件,使用GSNAP将它们与引用对齐,并将结果放入单的结果文件夹中。
用GSNAP进行任何对齐的结果可以在流行的Tablet浏览器中查看。
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sanger序列
Sequencher使传统的序列装配变得*,同时又能让您保持对序列的控制。精简数据质量差的序列。您甚至可以创建一个整洁的标准库,让一切变得更简单。通过直观的控制,您可以为数据选择佳算法,包括汇编到参考中。如果您正在处理来自不同来源的多个示例,可以通过名称来对它们进行自动装配。使用工具编辑数据从来没有如此简单过,帮助您定位和处理模棱两可的问题,还可以检查杂合子并移动您的数据。使用信任值帮助修整数据、质量检查和SNP检测,以提高数据结果的质量。
序列编辑
Sequencher提供一个DNA序列编辑工具,您需要确保这个序列是正确的。您可以在一个序列中查看一次您的色谱数据或在正向和反向方向查看多个对齐的色谱图。
它可以快速、方便地滚动对齐的数据,或者可以使用Sequencher的选择工具来**区域的差异或低质量。
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Find Amino Acids
Sequencher中的Find Amino Acids命令允许快速识别数据中的个体或序列。使用单字母代码,插入您希望找到的,Sequencher会发现并**那些序列中的碱基。Sequencher通过在Find Amino Acids窗口选择Find Next按钮,可以轻松地进入符合搜索的下一组碱基。
方差表
SNP分析的有力工具
现在有一种非常简单的方法来比较DNA序列或重叠序列,并点击几下就可以找到这些序列之间的所有差异。方差表让您筛选大量的序列数据,这样您就可以快速可视化您感兴趣的碱基。方差表中的每个单元格都链接到其原始数据,因此您可以直接在表中直接验证或编辑每个假定的差异,并使序列和色谱数据自动更新。一旦发现所有差异,Sequencher会为您提供多种导出和报表选项。
转换方差表
转换方差表总结了选定的一组样品中的所有差异。因为表与底层序列数据相连,所以它是验证突变导致转换改变和检查表达载体的理想选择。
与将引用匹配为空白单元格的方差表不同,转换后的方差表以浅灰色显示匹配。这让您能看到密码子的差异,这些密码子仍然会导致的匹配。您甚至可以在复查模式中同时看到方差表和转换方差表,这样您就可以地确定哪一个DNA序列改变导致蛋白质序列改变。
报告
Sequencher输出报表创建数据的可打印版本。这些报告提供了分析工具,例如在人口报告中对类似样本进行聚类。人口报告是方差表中数据的总结。每个人口报告由两种类型的表组成:一个人口表和几个单的详细表,它们描述了人口表中的每个组。
Sequencher中方差详细报告提供了支持方差表的所有信息。与个别差异报告一样,汇总表列出每个样本或列的变体。另外,在差异详细报告中,详细表遵循所描述的变体中的每一个的变体表。本表中的详细内容包括序列名称、方向以及任何数据的碱基调用,有助于调用变体。如果置信度或色谱数据可用,这也包括在表中的每个序列中。色谱数据包括二次峰分布的细节和每个变体多达六个踪迹的色谱图,尽管每个变体的踪迹数量是可配置的。
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With the addition of the Cufflinks suite you can perform RNA-Seq Differential Expression using the same style of interface we developed for all our NGS algorithms.
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1、软件培训服务:与国内大学合作,聘请业内人士定期组织软件培训,截止目前,已成功举办软件培训四十多期,累计学员2000余人,不仅让学员掌握了软件使用技巧,加深了软件在本职工作中的应用深度,而且也为**业人士搭建起了沟通的桥梁;
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