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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
BLAST and Local-BLAST
BLAST这个工具经常被使用，但是有很多参数和选项，可能不会对每个内存都有影响。Sequencher Connections帮助您在更少的时间内做更多的事情，并比较您的结果。您想将结果与不同的设置进行比较吗？您想把您的搜索分成不同数据库供个人查询吗？也许近出版了一些东西，现在在数据库里，或者您知道一些关于您自己数据的新东西。连接允许您同时运行许多不同的数据库搜索，返回的结果与完成的速度一样快。然后，您可以保留所有的结果，并可以使用示意图。该示意图是一个平行的图形显示，把您的结果显示在所有分析中，对于一个序列来说，BLAST是不可能的。如果您能用一个序列来完成所有的事情，想想您在同一个会话中使用大量的序列时能做什么。


Primer-BLAST
使用Primer-BLAST分析序列并检查特。
并行分析-- 使用几组不同的设置集，在同一序列上运行，甚至在没有书写脚本的情况下，即使是不同的序列。单击一次就可以将数据保存到项目中。新的引物被自动标记为GenBank风格的特征键，使它们更*在对齐中看到。这些引物通过方向进行颜色编码，以便于在使用它们的任何时候进行识别，并且您永远不会因为它们的命名约定而混淆它们。


MUSCLE和Trees
当您想在DNA序列中寻找保护区域时，让MUSCLE来实现。它比许多其他多序列比对更快速，精度更高。MUSCLE操作简单，与Sequencher Connections一起不仅可以看到对齐的区域，还可以看到矩形或圆形树格式的结果。您可以在同一组序列上设置几个MUSCLE运行，每个分析（或通道）设置为使用不同的参数。您想将不同的数据集保持在一起，但是运行相同的MUSCLE参数吗？将它们添加到相同的连接会话中，因为会话中的每一行可以包含不同的序列组。MUSCLE运行在不同的通道和行，并且可以比较，给您一个特数据视角。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
在Sequencher中，您可以运行分析并以图形的形式查看结果。通常，差异表达式要求您从命令行安装和使用R统计编程语言。
我们给你一个菜单命令，允许你用火山图、散点图和条形图显示结果。每个点或条链接到它的隐藏数据，您可以点击一个您感兴趣的点或条，查看详细的结果。Sequencher中的Cufflinks suite包含Cuffquant和Cuffnorm。如果您没有做差异表达基因的工作，但仍然需要归一化的结果，那么在Cufflinks步骤后使用Cuffquant和Cuffnorm。如果需要减少计算机上的计算负载，您可以在Cufflinks和Cuffmerge步骤后使用Cuffquant来量化数据集中的读数。之后，用Cuffdiff来完成差异化分析。您会发现这一步要快得多，因为这部分工作已经完成了。


用基因名称或geneID搜索数据表，快速定位感兴趣的数据。排序并筛选数据，仅绘制您感兴趣的内容，然后以PNG格式导出图表，以便放到演示文稿或报告中。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher通用装配工具应用如下
Ÿ 基因变异与参考序列的比较
Ÿ 确认向量构造
Ÿ 组装病毒和基因组
Ÿ 从cDNA库中集群数万个序列
Ÿ 将cDNA组合成基因组序列
Ÿ 创建引物图


组装参考
参考序列功能强大，它是测序和序列分析等的核心功能。无论您是从事法、系统研究、遗传学或人口研究，您都可能使用到参考序列功能。在GenBank格式中导入一个序列，将其特性表应用到序列中，并将其标记为一个引用序列。组装到参考序列意味着您可以将您的阅读和原型参考序列进行比较。如果您使用来自不同来源的多个示例，您甚至还可以按名称装配来自动化您的工作。


您甚至可以使用参考序列来去除您感兴趣区域之外的序列或者填补序列覆盖的空白。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Connections
Sequencher Connections代表了对序列或序列组执行多重分析的一种新方法。连接通过设置对不同的分析使用不同的参数或数据库通道，从而扩展了Sequencher的强大功能。通过同时对不同通道上的多个序列或序列组进行分析，Sequencher连接可以加快用户获取结果的速度。
现在，Sequencher Connections变得更加灵活和可定制化。现有的连接会话可以重新打开，并为它们添加新的序列. 连接可以根据项目来重命名。现在有更多的选项可以在连接会话中添加通道，并且每个通道也可以命名。
您可以在连接会话中对单个序列进行BLAST搜索。可以在每个通道上使用不同的参数或数据库设置来搜索NCBI数据库。可以在您的计算机上设置Local-BLAST通道来搜索数据库。您还可以设置一个Primer-BLAST通道，在感兴趣的区域中设计引物，并将这些引物序列发送给您的Sequencher产品。引物序列将有彩色的碱基和应用于它们的引物特征。这个示意图显示了一个窗口中的多个通道的结果，以便您可以比较不同运行的结果。
您的连接会话将自动保存在您的项目中。使用新的会话启动器，可以很*创建一个新会话，并将更多的数据添加到现有会话中，或者简单地回顾和重新运行旧会话，以查看是否添加了您之前查询的数据库中的任何新的兴趣序列。使用示意图提供您的BLAST, Local-BLAST以及Primer-BLAST分析的图形概述。同时，可以同时打开多个会话，这意味着您可以轻松的查看结果。
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