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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
MUSCLE
MUSCLE是一个多序列比对(MSA)程序,从5.1版本开始加入Sequencher插件。它加入了Clustal,使它成为了Sequencher DNS-Seq工具的*的MSA项目。它的速度和度都很好,与其他的多序列排列程序相比,它是非常有优势的。MUSCLE在排序过程中主要有四个主要的步骤。步是使用k-mer集群来构建一个距离矩阵,然后将其转换为树。第二步使用这棵树来一个渐进的对齐。在后的两个步骤中,MUSCLE算法尝试了许多不同的方法,以确定是否有可能改善树,从而实现多重对齐。


一旦整个过程完成,MUSCLE就会完成对齐,您会在Sequencher中看到以连续函数显示的结果。使用Sequencher的工具来注释您的对齐或导出您的对齐,并将其放入一个的系统遗传程序中。


MUSCLE是一个命令行程序,这意味着通常您会通过终端应用程序来使用这个程序。Sequencher开放了用户访问MUSCLE权限,而不需要学习使用UNIX命令行来操作。


限制性图
Sequencher提供了一套丰富的工具,用于生成DNA序列的线性限制图。通过频率、悬垂的性质或识别序列的长度来筛选酶的选择。


您还可以特定的向量和多连接序列来帮助您创建克隆策略。


支持信任值
Sequencher在项目窗口、序列编辑器和序列获取信息窗口中显示可信度和汇总置信度信息(如果在DNA序列文件中可用)。因此,您可以轻松地监视数据的质量。


您甚至可以为您的置信值截止范围,并通过颜色代码查看这些范围。
sequencher正版软件安装教程
Your Connections Sessions are automatically saved with your project. With the new Session Launcher, it’s easy to create a new Session, add more data to existing Sessions, or simply review and re-run older Sessions to see if any new sequences of interest have been added to the databases you queried previously. Use the Schematic to provide a graphical overview of your BLAST, Local-BLAST, and Primer-BLAST analyses at the same time. The ability to have multiple Sessions open at the same time means you can view all your results with ease. When your results finally expire from NCBI’s website, you can be sure that they will still be there safe in Connections.
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Sequencher always maintains two copies of your data, the edited and the originally imported data. You can undo all or a portion of your edits when you apply the Revert to Experimental Data command to a selection of sequences in your project or to a selection of bases in a sequence.
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Connections
Sequencher Connections代表了对序列或序列组执行多重分析的一种新方法。连接通过设置对不同的分析使用不同的参数或数据库通道,从而扩展了Sequencher的强大功能。通过同时对不同通道上的多个序列或序列组进行分析,Sequencher连接可以加快用户获取结果的速度。
现在,Sequencher Connections变得更加灵活和可定制化。现有的连接会话可以重新打开,并为它们添加新的序列. 连接可以根据项目来重命名。现在有更多的选项可以在连接会话中添加通道,并且每个通道也可以命名。
您可以在连接会话中对单个序列进行BLAST搜索。可以在每个通道上使用不同的参数或数据库设置来搜索NCBI数据库。可以在您的计算机上设置Local-BLAST通道来搜索数据库。您还可以设置一个Primer-BLAST通道,在感兴趣的区域中设计引物,并将这些引物序列发送给您的Sequencher产品。引物序列将有彩色的碱基和应用于它们的引物特征。这个示意图显示了一个窗口中的多个通道的结果,以便您可以比较不同运行的结果。
您的连接会话将自动保存在您的项目中。使用新的会话启动器,可以很*创建一个新会话,并将更多的数据添加到现有会话中,或者简单地回顾和重新运行旧会话,以查看是否添加了您之前查询的数据库中的任何新的兴趣序列。使用示意图提供您的BLAST, Local-BLAST以及Primer-BLAST分析的图形概述。同时,可以同时打开多个会话,这意味着您可以轻松的查看结果。
科学软件网不定期举办各类公益培训和讲座,让您有更多机会免费学习和熟悉软件。
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