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Specific Detection using Target Specific Probes
Specific detection of real time PCR is done with some oligonucleotide probes labeled with both a reporter fluorescent dye and a quencher dye. Probes based on different chemistries are available for real time detection, these include:

Real Time PCR procedure
In a real time PCR protocol, a fluorescent reporter molecule is used to monitor the PCR as it progresses. The fluorescence emitted by the reporter molecule manifolds as the PCR product accumulates with each cycle of amplification. Based on the molecule used for the detection, the real time PCR techniques can be categorically placed under two heads:

How AlleleID® Designs a Cross Species/Taxa Specific Assay
AlleleID® designs both real time PCR assays, including molecular beacons, TaqMan® probes, TaqMan® MGB, and SYBR® Green primers, and microarrays for designing a universal probe for taxa discrimination.
When designing a taxa specific assay, AlleleID® designs a single common probe to identify a taxa or a group of organisms from the mix. For challenging problems when such designs are not feasible, AlleleID® attempts the design by minimizing mismatches, avoiding them especially towards the more problematic 3' end.


功能特征
Ÿ 物种试验
Ÿ 基因芯片的基因拼接/选择性剪接
Ÿ 外显子连接引物设计
Ÿ 实时PCR引物设计
Ÿ TaqMan探针设计
Ÿ SyBR绿色底漆设计
Ÿ 分子信标设计
Ÿ FRET探针设计
Ÿ 微阵列探针设计
Ÿ 精密化验设计
Ÿ 数据库支持
Ÿ 输入输出格式


AlleleID是一款旨在解决、病原体检测或物种的综合性桌面工具。以CulsSTW多序列比对为核心，AlleleID可以设计用于物种识别/交叉物种的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探针, Molecular Beacons以及实时PCR引物。AlleleID还提供了支持可变剪切片段检测的微阵列实验设计。


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