本地化服务 PRIMER PREMIER软件教程教你怎么用

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Primer Premier是设计和分析PCR引物的全面的软件。Primer Premier通过利用接近的热力学算法和的熔化温度，找到优的PCR、多重和SNP基因分型引物。引物被筛选的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质，然后报告佳的序列，按顺序排列。配备了一个方便的计算器，您可以很*地操作序列并分析您的引物设计的结果。从NCBI加载感兴趣的基因，选择一个搜索范围，让Primer Premier为您挑选好的引物。
编辑模板序列
模板序列是可编辑的，可以由用户来更改。可以使用标准的剪切复制粘贴来进行修改。通过使用Delete按钮可以不需要的序列区域。用户可以评论或注释一个序列并保存它们以备将来参考。




Primer Premier  PCR引物设计软件
SNP基因型分析的引物设计
使用Primer Premier，您可以从dbSNP加载序列，并将所设计的引物并置在SNP选定的两侧。数百个未发表的SNPs也可以通过在标准GenBank/ dbSNP文件中它们作为变体特性来加载。在SNPs之后，引物设计可以增强他们使用probe-based化学检测。
多重检测
对于多重实验，Primer Premier可以让您在批处理模式下启动引物搜索，然后检查设计的引物的交叉反应性，从而减少错误启动。
自动同源性和避免模板结构
Primer Premier自动解释BLAST搜索结果，并避免那些区域设计与数据库具有显著交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中被**显示，并且在引物搜索期间被避免了。由于在扩展温度下存在模板结构，可能会阻碍引物的扩展。为了避免所有这些区域的模板自动折叠，在您的折叠温度下，程序使用专有算法来检查模板内可能的二级结构。在序列视图中，二级结构形成的区域下面用横线强调，并在设计引物时被避免。避免同源区域使得寡聚物高度特，避免模板结构提高设计引物的效率。

Manual Primer Search
Primer Premier offers complete control over primer design in the hands of the user. Using the manual primer search option, a user can click any nucleotide on the template sequence to get primers at the location of their choice. Primer Premier designs a primer with its 3' end located at that nucleotide and analyzes its properties instantly. The length of the primer can also be increased/decreased, per user convenience. For mutagenesis and cloning, this functionality helps in getting an optimal design in an otherwise constrained region. Primer Premier enables "sliding" the primer sequence along the DNA sequence, displaying the properties in real time, enabling users to visualize the best position to locate oligos.

Primer Premier  PCR引物设计软件
标准PCR分析的引物设计
Primer Premier是设计和分析PCR引物的全面的软件。Primer Premier通过利用接近的热力学算法和的熔化温度，找到优的PCR、多重和SNP基因分型引物。引物被筛选的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质，然后报告佳的序列，按顺序排列。配备了一个方便的计算器，您可以很*地操作序列并分析您的引物设计的结果。从NCBI加载感兴趣的基因，选择一个搜索范围，让Primer Premier为您挑选好的引物。
Primer Design for SNP Genotyping Assays
With Primer Premier, you can load sequences from dbSNP and have the primers designed flanking the SNP selected. Hundreds of unpublished SNPs can also be loaded by specifying them as variation features in standard GenBank/dbSNP files. After specifying the SNPs, primers can be designed to amplify them for detection using a probe-based chemistry.
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