AlleleID软件百科 保证正版
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How Species Were Identified Historically
The field of disease diagnosis and drug development has seen a rapid replacement of culture based methods for bacterial and species identification by faster and more reliable molecular based techniques such as real time PCR and microarrays. The reason for the success for these techniques is the ease with which one can identify a species from a sample collected from complex sources such as air, soil, or water.
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Real Time PCR & Microarray Primer/Probe Design for Cross Species and Taxa Specific Applications
For cross species assays, AlleleID® identifies the conserved regions to design a universal probe. This functionality is especially useful to detect a species or a taxa when designing a diagnostic assay. This functionality is also useful to help study gene expression when genome draft of the organism under study is not available.
When it is not possible to identify a significant conserved region for a set of sequences, AlleleID® attempts to design a "Mismatch Tolerant" probe. The probe may include up to the specified number of mismatched bases which are located as close as possible to the 5' end.
Also included is the "Minimal Set" option that helps you design minimum number of probe sets that uniquely identify a sequence reducing the overall assay cost.
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Design qPCR and Microarray Assays for Related Organisms
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Modern Techniques for Cross Species Detection
Real time PCR and microarrays offer a rapid, sensitive, specific and quantitative tool for the diagnosis of pathogens. Diseases are not readily distinguished based on symptoms when there is more than one pathogen in the sample. Microscopic identification requires culturing on specialized media for days to weeks. Recently, real time PCR assays were successfully used in the detection of fungal pathogens such as Rhizoctonia, Pythium, and Fusarium.
Designing a cross species assay involves the use of a multiple sequence alignment tool to identify conserved stretches of DNA and the design of a hybridization probe for detecting it. Recently there have been advances in micro-organism identification at the taxonomical level using molecular level identification techniques such as real time PCR and microarrays.
科学软件网不定期举办各类公益培训和讲座,让您有更多机会免费学习和熟悉软件。
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