正版软件 PRIMERPLEX使用指南

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Automatic Homology & Template Structure Avoidance
Primer Premier automatically interprets the BLAST search results and avoids those regions to design primers that have significant cross homologies with the database. These homologous regions are highlighted in the sequence view and are avoided during primer search.

多重PCR检测用于基因表达分析（使用凝胶电泳的终点检测），用于高通量SNP应用，如基因分型，用于下一代测序所需的目标浓缩、病原体检测、菌株分型和单倍型分型。PrimerPlex还设计了优等位基因特捕捉探针和Allele Specific Primer Extension (ASPE)引物用于高通量SNP基因型分析。

功能
多重SNP检测和高通量基因型
使用PrimerPlex，您可以设计SNP在旁侧的多重PCR引物、SNP在3’末端的ASPE引物以及SNPs在中心的捕获探针。PrimerPlex使您能够通过它们中每一个设计oligo，来检测一个中等大小的基因组序列的所有突变。检查这些引物和探针以进行复用，并显示佳可能的。

多重PCR引物设计
设计用于多重分析的引物集可能是一项具有挑战性的任务。PrimerPlex使用创新的和专有的算法来设计优的多重引物集，大限度地减少Tm失配所有的进行交叉反应分析，以确保特定和有效的扩增。您可以从一系列交替呈现的各种排序顺序中选择适合您的实验需求的。使用PrimerPlex，您可以灵活地设计引物，无论是朝向3'端，还是5'端，在这些端点的距离或序列内的任何地方。


"Primer Premier is a wonderful program. It has paid for itself many times over. If we have a tough problem, we  go back to Primer Premier and 9 times out of 10 we have success. That is a pretty good rate" -David Towle, Mount Desert Island, Biological Laboratory, Salisbury Cove, Maine.

对于SNP的基因型分析，该程序设计了引物旁侧突变，如SNPs、DIPs（/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性）。

评估预设计的引物和探针
PrimerPlex可以使用预先设计的经过验证的oligos来构建复用集。在为每个序列了oligo之后，对它们的属性进行分析，并为发现的任何偏差提醒用户。对于预先设计的oligos不可用的序列，PrimerPlex设计它们，检查它们是否复用，并强调兼容性问题。然后用户可以决定接受这个设计或者创建一个单的池。这个功能在用户的手中提供了完全的控制。

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