使用期限*
许可形式单机
原产地美国
介质下载
适用平台windows,mac
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Trim to Reference eliminates the ends of sequences that extend beyond an assembled Reference sequence.
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
序列整理
自动DNA测序仪偶尔会产生质量差的读数,特别是在测序引物位点附近和接近较长的序列运行的终点。来自DNA库的克隆序列通常包含向量序列、polyA尾或其他不相关的序列。内含子和引物序列经常位于外显子序列的两侧。除非通过裁剪,否则这些操作将会扭曲您的序列组件和下游序列分析。
Sequencher提供了一些简单但功能强大的工具,这些工具可以帮助您修整低质量或不明确的数据。
Trim Ends从序列片段的末端错误的数据。
Trim Vector序列特定的数据,这些数据损害了您的序列的末端。
Trim to Reference消除**出组件的参考序列的序列末端。
在执行修剪之前,序列分析器显示所建议修剪的图形表示,这允许您进一步细化您的标准。
如果您想还原修剪序列的两端或一端的基数,由于您的修剪过于严格,或您想提高覆盖率,Batch Revert Trim Ends可以让您做到这一点。只要点击几下,您就可以将储存的数据还原为几个或几千个序列,并且对您的序列进行更好的控制。
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甲基化研究
几十年来,DNA甲基化被认为在基因表达中起着重要的作用。当用亚硫酸氢盐处理DNA时,除非胞嘧啶甲基化,任何胞嘧啶都被转换成尿嘧啶。GSNAP将从亚硫酸氢盐处理的DNA测序获得的下一代测序读数校准为参考序列,以不掩盖真正错配的方式排列它们,但当用亚硫酸氢盐处理未甲基化DNA时仍然暴露发生的C到T失配。
RNA耐受性比对
GSNAP已经更新,现在包含A-G容错对齐模式。使用这种模式的情况下,您的mRNA可能已被ADAR基因编辑,使腺苷转化为肌苷。当测序时,I被视为G。该版本还引入了用于新的RNA耐受模式和甲基化分析的滞留和非滞留模式。当您的实验室协议允许5’到3’基因组读取和它们在每个链上的反向互补时,使用非搁浅模式。
查看器
Tablet是下一代序列比对的高性能查看器。以许多不同的模式查看和审查您的Maq, GSNAP,
BWA-MEN或Velvet结果,用不同的颜色和阅读方向**显示。获取个别读数和读取成对的信息,以及排列读取的堆叠以显示配对。Tablet可以控制转换、缩放以及**变异基,以便让您的阅读变得*。
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We also added the charts you would expect to see, such as the Volcano plot, so you can view the results without resorting to the command line. Because we know you have your own favourite aligners we donÔÇÖt insist you use ours. As long as your aligner creates SAM or BAM as its output you are ready to explore your data with one of the most widely regarded RNA-Seq tools available.
科学软件网不定期举办各类公益培训和讲座,让您有更多机会免费学习和熟悉软件。
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