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产品描述

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Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。
分子轨道可视化的例子
Chemcraft支持一个接口,用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分(图4)。从它们的描述中提取基集,可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户gaussians来补充。
Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO),以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出;GFINPUT选项允许打印基组信息(基组中的基元的描述),而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP(NBO)实现了自然键轨道分析的打印输出,其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的,但不是必需的。至于GAMES文件,可以从文件中看到不同的数据:原子核上的能量(能量梯度)、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性(使用量、能量)、正常模式、分子轨道(Cartesian(6d等)或internal(5d)函数都可以被可视化),MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上(这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的,因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印)。对于能量表面扫描和IRC作业,所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式,基本的数据概述并以“摘要”的形式显示(SCF能量,收敛标准等)。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业,然后呈现为几个扩展节点的列表,每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外,Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件(.fch), 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化,Gaussian立方体文件也可以读取。
1.Interface of Chemcraft.
Chemcraft for Gamess users
  Chemcraft provides very detailed visualization of Gamess-US output files. The following data from the files can be presented graphically:
-  Atomic coordinates (corresponding to either all or symmetry unique atoms, if corresponding tables are presented in the file);
-  If bond order analysis is presented in the file, bonds from the file are shown on the image (otherwise, bonds are calculated by distance algorithm);
-  Energy gradient can be shown in the form of pointers (fig. 2);
-  Different atomic properties can be shown as labels on atoms: Mulliken populations and charges, spin densities, valences;
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To examine the value of a geometrical parameter (distance, angle, dihedral), one should select 2, 3 or 4 respective atoms by left-clicking: the value will be shown in textbox at the bottom. For selection of new atoms, old atoms must be first deselected by right-click. The button "Show" (to the right of the textbox) displays the value of the current parameter in the molecule's image. The chosen geometrical parameter can be altered by entering a new value in the textbox and pressing the "Set" button. If the button  is pressed, the coordinates of only last selected atom will change; if the button  is pressed, first and last selected atoms will move symmetrically. Other atoms bonded to the selected ones will move along with them; if that is undesirable, one should manually delete bonds or add new ones via selecting pairs of atoms and pressing Ctrl+B. For additional details on such geometry modifications, see
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Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素,例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素,从文件中提取所有可用数据:原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中(图1)。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式,并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化,包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算,通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外,Chemcraft概述了输出文件的基本部分,并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。
The program combines advanced graphical user interface and wholesome features designed for practical use. Chemcraft provides very detailed structured visualization of output files, based on dividing a file into separate elements and presenting them in an hierarchical multi-level list; this feature allows one to easily analyze complicated files, such as scan jobs, IRC jobs, or multi-job calculations. The graphical engine of Chemcraft does not require any hardware acceleration.
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Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO),以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出;GFINPUT选项允许打印基组信息(基组中的基元的描述),而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP(NBO)实现了自然键轨道分析的打印输出,其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的,但不是必需的。至于GAMES文件,可以从文件中看到不同的数据:原子核上的能量(能量梯度)、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性(使用量、能量)、正常模式、分子轨道(Cartesian(6d等)或internal(5d)函数都可以被可视化),MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上(这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的,因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印)。对于能量表面扫描和IRC作业,所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式,基本的数据概述并以“摘要”的形式显示(SCF能量,收敛标准等)。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业,然后呈现为几个扩展节点的列表,每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外,Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件(.fch), 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化,Gaussian立方体文件也可以读取。

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