GPMAW中文版使用教程 本地化服务

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The coloring of residues is done through a simple edit box (right). Three colors are available (presented in the left-hand column) Setup, and for each color you can have four different entries (max. 10 residues in each entry). Notice that the question mark can substitute for ‘any residue’ (do not use ‘X’ as this is recognized as a specific residue – unknown). If the ‘Highlight global’ check-box is checked, all currently open sequence windows will be colored. If the ‘Keep highlight’ is not checked, the entries will be cleared whenever the ‘Highlight residues’ dialog is accessed.

The arrow keys can alter the most recently selected region:
The left/right arrow will change the position of the C-terminal residue of the selection one residue back or forward. Holding down the Ctrl key will similarly change the N-terminal residue of the selection. Holding down the Shift key will move the whole selection. This sound complicated, but is straightforward once you try it.

The scissors are a shortcut to cutting up the protein into peptides. This is usually done using proteolytic enzymes, but may also be carried out chemically. The only requirement is that the process can be specified relative to specific residues. The small down-arrow button opens a menu enabling you to select enzyme cleavage in a single click. Note that the bottom part of the menu enables you to specify one missed cleavage, and/or to digest all opened sequence windows.

ClustalW in GPMAW has not been strongly advocated because the version of ClustalW that could be downloaded was not compatible with Windows XP. However, this has been corrected, and the installation description follows.
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