使用期限*
许可形式单机
原产地美国
介质下载
适用平台windows,mac
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Sequencher provides simple-to-use but powerful tools that help you trim poor quality or ambiguous data:
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
FastQC质量控制报告
在开始调整数据之前,先停下来考虑一下,我们的数据到底如何?现在我们可以用FastQC Quality Reports。我们在Sequencher中添加了FastQC程序。从Sequence > Analyses > FastQ Quality Report…启动此功能,您可以得到多达12种不同的度量结果。从‘Per base sequence quality’ 到‘Kmer Content’,从Sequence Duplication Levels’ 到 ‘Overrepresented sequences’,结果给出一个易于理解的交通灯系统图以及更详细的图表。
在组装前,使用报表个人数据集的质量,或随时质量。
RNA-Seq
RNA-Seq实验正在为蛋白质编码转录物的研究带来新的理解和知识,是否从不同时间点或在正常状态和疾病状态之间的正常组织。Sequencher家族新的程序是Cufflinks suite,研究RNA-Seq NGS数据的一系列程序。使用您喜欢的aligner对齐RNA-Seq NGS数据到参考序列中,然后使用SAM或BAM结果文件和参考GTF文件来启动Cufflinks。重点使用Cufflinks, Cuffmerge, Cuffdiff以及终数据以表格和图形展示这四个步骤过程的差异表达。Cufflinks suite命令行程序可以使用我们易于使用的图形界面。对于终控件,您也可以访问所有命令行函数,通过简单的点,然后单击Advanced(Edit)对话框。
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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher的Reference Sequence是一个强大的功能,它控制着编号、特征以及更多的功能。与Variance Table结合一起使用,可以很*地确定您是在看已知的还是未报告的SNPs。使用Clustal,从Sequencher的项目桌面直接对齐序列。当有来自不同来源的多个样本时,您甚至可以使用Clustal的名称。创建工作报告,来自Variance Table的PDF报告,是一个分享您的信息的好方法,保存在您的实验室笔记中或者在演示文稿中使用。自定义工作区,控制窗口的位置,并使用标签来区分序列和重叠群。使用主题和**显示来识别序列区域。在模板中维持所有设置,以便您和您的同事可以使用相同的标准操作程序。
自定义工作区
可以自定义窗口的默认位置,Sequencher会记住您的设置格式和一致性选项。您还可以保存所有的设置,包括Reference Sequence,作为Project Template,可以重复使用,节省分析设置时间。
使用主题来**您定义的子序列
记住会话间的标尺设置
为您的工作风格选择佳的窗口布局并保存它们
自定义项目窗口的显示
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With the addition of the Cufflinks suite you can perform RNA-Seq Differential Expression using the same style of interface we developed for all our NGS algorithms.
科学软件网不仅提供软件产品,更有多项附加服务免费提供,让您售后**!
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