放心购买 GPMAW软件教程之实用教程

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The [1] displayed in the first pane indicates that only a single peptide has been highlighted. You can highlight multiple sequences by holding down the shift button while selecting additional regions. Up to three regions can be selected at a given time. The region covered will only be shown for the last selection, while the mass will be for the total..

GPMAW程序主要是作为蛋白质和多肽质谱分析的工具。然而，许多其他生物信息学工具也已经包含在内，因此该程序的使用远远**出了简单的质量分析。
该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上，但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行，但不能保证完全兼容。
除了ms/ms搜索，该程序不需要强大的处理器或快速硬盘，可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上网本上运行它。
程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供，手册可以在下载。
序列处理:通过在Entrez和本地数据库(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索数据库，从许多不同格式的序列中导入序列。序列可以保存在本地(数据库)中，以备将来参考。从序列窗口可以执行大量操作。序列可以以FastA格式导出(单个序列或同时导出所有序列)，以便于传输到其他程序。
质量分析:蛋白质可以通过自动方法(如定义酶作用的灵活命名法)或手动方法进行裂解。多肽显示与许多参数(各种质量值- mono, ave，电荷- Bull&Breese指数，HPLC指数，pI，电荷)，并可以进一步工作(如交联，新的分裂)。
生物信息学:可显示多种图形、疏水性、点图、二级结构预测。可以在本地数据库上执行BLAST搜索。使用ClustalW的多重对齐。CustalW可执行文件现在是GPMAw包的一部分，但是在以前的版本中，您必须自己安装。
The GPMAW program is primarily intended as a tool for mass spectrometric analysis of proteins and peptides. However, a number of other bioinformatics tools have been included, so the use of the program extends far beyond simple mass analysis.

The scissors are a shortcut to cutting up the protein into peptides. This is usually done using proteolytic enzymes, but may also be carried out chemically. The only requirement is that the process can be specified relative to specific residues. The small down-arrow button opens a menu enabling you to select enzyme cleavage in a single click. Note that the bottom part of the menu enables you to specify one missed cleavage, and/or to digest all opened sequence windows.

当前的局限
如果修改了带电残留物，则原始pka值仍作为总pi/电荷的一部分进行计算。如果未充电的残余物变为带电的残余物并pka值，则计算“正确”。如果一个界点被修改，它仍然会产生π/电荷。

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