科学软件网提供AlleleID 原厂授权软件许可

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This functionality is especially useful to detect a species or a taxa when designing a diagnostic assay. This functionality is also useful to help study gene expression when genome draft of the organism under study is not available.

AlleleID 物种识别和分类鉴别的综合软件
的实验设计
AlleleID是一款旨在解决、病原体检测或物种的综合性桌面工具。以CulsSTW多序列比对为核心，AlleleID可以设计用于物种识别/交叉物种的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探针, Molecular Beacons以及实时PCR引物。AlleleID还提供了支持可变剪切片段检测的微阵列实验设计。
功能特征
物种试验
基因芯片的基因拼接/选择性剪接
外显子连接引物设计
实时PCR引物设计
TaqMan探针设计
SyBR绿色底漆设计
分子信标设计
FRET探针设计
微阵列探针设计
精密化验设计
数据库支持
输入输出格式
ross Species/Taxa Specific Assays
Species Identification Assays
Gene Splicing/Alternative Splicing using Microarrays
Exon Junction Primer Design
Real Time PCR Primer Design

Taxa Specific/Cross Species Identification: Probes with Mismatched Bases and Conserved Primer
Probes with Mismatched Bases and Conserved/Optimal Primers: AlleleID® can design probes with specified number of mismatch bases. The mismatched bases will follow the majority consensus, meaning that the probe will have the most common base within the alignment. This design minimizes cost, an important consideration, especially in diagnostic assay design. The primers are designed in the conserved regions. To reduce assay costs, it designs the minimal number of primer pairs that are required to amplify the conserved regions across the alignment.

广泛支持实时或定量PCR检测和SNP/表达微阵列
AlleleID可以设计优的SYBR Green引物、TaqMan探针、TaqMan Minor Groove Bingding
(MGB)探针、FRET探针或者分子信标，用于实时定量PCR差异基因表达SNP基因型分类试验。您也可以设计实时PCR引物和双标记探针多达一万个序列在一个单一的运行SNP检测或表达微阵列。
广泛支持实时或定量PCR检测和SNP/表达微阵列
AlleleID可以设计优的SYBR Green引物、TaqMan探针、TaqMan Minor Groove Bingding
(MGB)探针、FRET探针或者分子信标，用于实时定量PCR差异基因表达SNP基因型分类试验。您也可以设计实时PCR引物和双标记探针多达一万个序列在一个单一的运行SNP检测或表达微阵列。
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