正版软件 sequencher软件入门教程

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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
在Sequencher中，您可以运行分析并以图形的形式查看结果。通常，差异表达式要求您从命令行安装和使用R统计编程语言。
我们给你一个菜单命令，允许你用火山图、散点图和条形图显示结果。每个点或条链接到它的隐藏数据，您可以点击一个您感兴趣的点或条，查看详细的结果。Sequencher中的Cufflinks suite包含Cuffquant和Cuffnorm。如果您没有做差异表达基因的工作，但仍然需要归一化的结果，那么在Cufflinks步骤后使用Cuffquant和Cuffnorm。如果需要减少计算机上的计算负载，您可以在Cufflinks和Cuffmerge步骤后使用Cuffquant来量化数据集中的读数。之后，用Cuffdiff来完成差异化分析。您会发现这一步要快得多，因为这部分工作已经完成了。


用基因名称或geneID搜索数据表，快速定位感兴趣的数据。排序并筛选数据，仅绘制您感兴趣的内容，然后以PNG格式导出图表，以便放到演示文稿或报告中。

We have continued our strategy of adding functionality to Sequencher that focuses on labs doing DNA sequencing.  Unlike many companies in this field, we are continuing work on improving the productivity and utility of Sanger sequencing based on feedback from our collaborators around the world, and focusing on smoothly integrating those features with the latest tools for next-generation DNA sequence alignment. If you work in a lab that supports NGS, you must already have information technology [I. T.] support, but our mission is to make the data and analysis of ALL sequencing data accessible and understandable to life scientists without requiring that they have a degree in computer engineering.

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher 5.4.6新功能
为DNA序列分析提供了全新的和增强的功能。
Sanger
Ÿ Sequencher Connections中运行的 Primer-BLAST发送引物序列到您的Sequencher项目中。
Ÿ 在项目窗口中轻松使用一致性序列，作为NGS测序比对混合的参考序列。
Ÿ 新批量处理恢复结束命令。
Ÿ 在项目窗口中调整字体大小的功能。
NGS
Ÿ GSNAP和BWA-MEM工作流更快。
Ÿ构建GSNAP数据库和BWA索引，这些索引可以被重新用于与整个基因组的对齐。
Ÿ查看并保存用FastQC报告的NGS原始数据文件的质量分数和元数据。
Ÿ使用SAMtools在您的NGS校准中标记变量来生成不同的调用文件(VCF)。
RNA-Seq
Ÿ 随着Cuffquant和Cuffnorm的添加，扩展了Cufflinks套件的功能。
Ÿ Cuffdiff和 Cuffnorm的Conditions and Replicates编辑器。
Ÿ 使用自定义排序和筛选选项来增强RNA-Seq可视化功能。
Ÿ 使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有的DNA-Seq和RNA-Seq项目。

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Find Amino Acids
Sequencher中的Find Amino Acids命令允许快速识别数据中的个体或序列。使用单字母代码，插入您希望找到的，Sequencher会发现并**那些序列中的碱基。Sequencher通过在Find Amino Acids窗口选择Find Next按钮，可以轻松地进入符合搜索的下一组碱基。


方差表
SNP分析的有力工具
现在有一种非常简单的方法来比较DNA序列或重叠序列，并点击几下就可以找到这些序列之间的所有差异。方差表让您筛选大量的序列数据，这样您就可以快速可视化您感兴趣的碱基。方差表中的每个单元格都链接到其原始数据，因此您可以直接在表中直接验证或编辑每个假定的差异，并使序列和色谱数据自动更新。一旦发现所有差异，Sequencher会为您提供多种导出和报表选项。


转换方差表
转换方差表总结了选定的一组样品中的所有差异。因为表与底层序列数据相连，所以它是验证突变导致转换改变和检查表达载体的理想选择。
与将引用匹配为空白单元格的方差表不同，转换后的方差表以浅灰色显示匹配。这让您能看到密码子的差异，这些密码子仍然会导致的匹配。您甚至可以在复查模式中同时看到方差表和转换方差表，这样您就可以地确定哪一个DNA序列改变导致蛋白质序列改变。


报告
Sequencher输出报表创建数据的可打印版本。这些报告提供了分析工具，例如在人口报告中对类似样本进行聚类。人口报告是方差表中数据的总结。每个人口报告由两种类型的表组成：一个人口表和几个单的详细表，它们描述了人口表中的每个组。


Sequencher中方差详细报告提供了支持方差表的所有信息。与个别差异报告一样，汇总表列出每个样本或列的变体。另外，在差异详细报告中，详细表遵循所描述的变体中的每一个的变体表。本表中的详细内容包括序列名称、方向以及任何数据的碱基调用，有助于调用变体。如果置信度或色谱数据可用，这也包括在表中的每个序列中。色谱数据包括二次峰分布的细节和每个变体多达六个踪迹的色谱图，尽管每个变体的踪迹数量是可配置的。
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